In juni 1993 werd Ellis voor het High Court schuldig bevonden aan 16 aanklachten wegens seksuele misdrijven met kinderen die hij onder zijn hoede had in de creche van Christchurch Civic en veroordeeld tot 10 jaar gevangenisstraf. Zijn veroordeling is bekritiseerd, waarbij vooral de manier waarop de getuigenis van de kinderen werd verkregen en aan de jury werd voorgelegd, zorgen baarde.
Veel mensen geloven in Ellis' onschuld en veel Nieuw-Zeelanders hebben zijn oproepen om de veroordeling ongedaan te maken gesteund.
In 1994 schrapte het Hof van Beroep de veroordeling voor drie van de aanklachten, maar handhaafde de straf. Zijn veroordeling en straf werden in oktober 1999 door het Hof van Beroep voor een tweede maal ingetrokken. Ellis weigerde de hoorzittingen van de paroolcommissie bij te wonen toen hij in de gevangenis zat, omdat hij de misdaden zou moeten bekennen om te pleiten voor vervroegde vrijlating. Hij werd in februari 2000 vrijgelaten nadat hij zeven jaar in de gevangenis had gezeten.
Ellis is campagne blijven voeren om zijn naam te zuiveren. In 2019 ging hij in beroep bij het Hooggerechtshof om zijn veroordeling van zijn achtergrond te laten verwijderen.
De zaak Ellis was een van de vele geruchtmakende gevallen van kindermisbruik in de jaren 1980 en begin jaren 1990. Het is genoemd als een reden voor de daling van het aantal mannelijke leraren in Nieuw-Zeelandse scholen.