Het verhaal van Donkey Kong Country gaat over de Kremlings die Donkey Kong's bananen stelen. De verhaallijn gaat als volgt;
HET WAS EEN DONKERE EN STORMACHTIGE NACHT...
Stormen teisterden het ruige terrein van Donkey Kong Island, het thuis van de beroemde videogame-aap en zijn familie en vrienden. In de buurt van Donkey Kong's boomhut zat een klein aapje, Diddy, ineengedoken van angst voor de woeste bliksem die af en toe de weelderige, donkere jungle verlichtte die het grootste deel van het eiland bedekte. Donkey Kong had Diddy aangesteld als bewaker op deze vreselijke nacht, en hij was niet blij met zijn lot.
Donkey Kong's eerdere peptalk bleef maar terugkomen in Diddy's hoofd. "Oké, kleine vriend," had Donkey gezegd met zijn neerbuigende stem. "Als onderdeel van je heldentraining, moet je vannacht op wacht staan bij mijn bananen... Ik zal je om middernacht herleven, dus probeer wakker te blijven tot dan!"
Buddy? Ja, natuurlijk. Nu was hij alleen. Alleen, tenzij je de onbekende bedreigingen meetelde die op de loer lagen achter elke boom die hij zag tijdens de bliksemflitsen. De Kremlings waren daar ergens, zoveel was zeker. Ze begeerden Donkey Kong's bananen voorraad, de grootste op het eiland, en waarschijnlijk in de wereld. Een schat aan kalium en vitamine A. Het perfecte voedsel. "Ahhh... heerlijke bananen... De gedachte aan DK's gouden horde deed Diddy bijna zijn ongemakkelijke situatie vergeten. Maar een geritsel in het kreupelhout en het geluid van enkele knakkende twijgen haalden hem uit zijn mijmeringen.
"W-w-wie gaat daar heen?!" Diddy daagde de geluiden in het verduisterde, druipende gebladerte uit. Er kwam geen antwoord, alleen het knipperen van klauwen en tanden, gevolgd door een vluchtig beeld van vele reptielachtige ogen en een donderslag. Diddy maakte een salto in de strijd met zijn kenmerkende karrewiel aanval, maar hij werd snel overwonnen door het gewicht van vele geschubde aanvallers. De enorme massa van Klump de Kremling landde boven op Diddy en sloeg hem bewusteloos. Zijn laatste herinnering was een sissende stem... "Hettisssdeekleine... Zadel hem zellangs ditssvat en gooi het in de bus... Donkey Kong's bananen zijn van ons!" Het deksel van de ton sloot zich om Diddy en verdween zelfs uit het vluchtige licht van de storm. Seconden later vloog de ton door de lucht, met dank aan Klump's legerlaars-ondersteunde punt, en landde ruw in het oerwoud gebladerte. Diddy Kong wist van niets meer.
De hele Donkey Kong clan keek er niet van op toen de Kremlings de bananenhorde in hun Kremling-karts laadden en door de jungle reden, een duidelijk spoor van gevallen fruit achterlatend van hun overbeladen wagens.
De volgende ochtend, werd Donkey Kong gewekt door het schreeuwen van zijn naam. "Hou het stil!!" gromde hij. Hij besefte plotseling hoe laat het was. "Nu al ochtend... Ik ben door mijn horloge heen geslapen!" Uit bed vallend en door zijn boomhutdeur, gleed Donkey Kong de boomhutladder af zonder een van de sporten te gebruiken, en nam zijn karakteristieke gevechtshouding aan, met zonverblinde, loensende ogen! Een snelle klap was alles wat nodig was om hem languit op de grond te laten liggen, met zijn gezicht naar beneden! Hij rolde zich groggy om en zag het bekende gerimpelde, witbebaarde, chagrijnige gezicht van zijn oude opa "Cranky Kong" op hem neerkijken. In zijn hoogtijdagen was Cranky de originele Donkey Kong die het in verschillende van zijn eigen spellen opnam tegen Mario.
"Waarom doe je dat?!" Vroeg Donkey Kong, goed wetend dat Cranky hem bij elke gril in de boeien sloeg.
"Kijk eens in je bananengrot. Er staat je een grote verrassing te wachten!" Cranky kraakte.
Ezels gedachten gingen tekeer toen hij naar de grot sprong en naar binnen gluurde. In plaats van de doffe gouden gloed van duizenden bananen, lagen er slechts een paar afgedankte schillen. Deze waren door honderden reptielpoten in de modder vertrapt, te oordelen naar de vele drietandige voetafdrukken die de vochtige grotbodem bedekten. Maar hoe zit het met...
"Diddy is ook weg!" Cranky lachte. "Dat krijg je ervan als je je verantwoordelijkheid ontloopt, jij waardeloze zwerver! In mijn tijd zouden we blij zijn geweest als we in de regen op wacht hadden gestaan, want dat zou een extra frame animatie hebben betekend! Natuurlijk zou regen onmogelijk zijn geweest, gezien onze armzalige rekenkracht, maar..."
Donkey Kong stond daar in verbijsterd ongeloof en had het meeste niet gehoord van wat Cranky zei. "Diddy... weg... Mijn kleine maatje..." mompelde hij tegen zichzelf.
Donkey Kong was plotseling vervuld van overtuiging. "De Kremlings zullen boeten!" raasde hij. "Ik zal ze opjagen tot in elke uithoek van mijn eiland, tot ik elke laatste banaan van mijn horde terug heb!"
"Je kleine vriendje zoeken en een tros bananen terughalen?!" Cranky snoof. "Wat is dat voor spelidee?! Waar is de gillende jonkvrouw in nood?!"
"Diddy's obsessie om op mij te lijken is te ver gegaan! Hij is misschien ver weg van een echte video game held, maar hij had het lef, de reflexen, het hart..."
"Als je het mij vraagt, zijn jullie beiden niet klaar voor prime time,' onderbrak Cranky. "Jullie zullen nooit zo'n populair personage worden als ik was! In mijn hoogtijdagen stonden kinderen in de rij om mijn spelletjes te spelen! De kwartjes werden op de machine gestapeld terwijl ze op hun beurt wachtten! Als je op dit belachelijke avontuur gaat, mag je blij zijn als je tien exemplaren verkoopt!"
Donkey Kong fumigeerde. Meestal liet hij Cranky's gebazel over zijn rug gaan, maar deze keer was het anders. "Wat weet jij nou van avontuur, ouwe aap met vlooienbeten?" schreeuwde Donkey Kong, terwijl hij steeds dichterbij kwam, Cranky's wandelstok trotserend, tot hij helemaal in zijn gezicht zat. "Ik ben je saaie, single-scherm avonturen zat! Diddy zit in de problemen, mijn bananenhorde is weg, en ik ga ze allemaal terughalen!"
Donkey Kong ging op zoek naar zijn vermiste maatje en volgde het spoor van de bananen die de Kremlings hadden laten vallen.
"Nou, het is niet echt een prinses redden, maar het kan ermee door," snoof Cranky toen DK in de weelderige jungle verdween. Na een ogenblik aarzelen, volgde Cranky hem. "Die jongen kan mijn hulp wel gebruiken..." mompelde hij in zichzelf. "Kinderen van tegenwoordig... ze hebben gewoon geen respect voor hun ouders..."
