In de Neon Genesis Evangelion New Theatrical Version (ook bekend als Rebuild of Evangelion), speelt Kaworu een iets grotere rol. Hij verschijnt voor het eerst aan het einde van 1.0: You are (not) alone, waking up in a coffin on the moon. Hij staat dan op en kijkt naar de aarde, met de opmerking dat "de Derde niet veranderd is", en dat hij ernaar uitkijkt om hem (Shinji Ikari) te ontmoeten.
In 2.0: Je kunt (niet) vooruit, Gendo Ikari en Kozo Fuyutsuki bezoeken Seele's maanbasis om de bouw van Unit 06 te observeren, en zien Kaworu zitten bovenop Unit 06's vinger, met alleen een broek aan. Kaworu lijkt Gendo aan te spreken als "Vader", hoewel het onbekend is of hij dit letterlijk of metaforisch bedoelde. Kaworu is ook kort te zien terwijl hij, nog steeds op de maan, een plugsuit aantrekt terwijl Mari Illustrious Makinami zich klaarmaakt om Zeruel te bevechten in het Geofront. Zijn laatste verschijning in 2.0 is helemaal aan het eind van de film, na de aftiteling. wat vermoedelijk een Lans van Longinus is, wordt naar de aarde geslingerd en spietst eenheid 01, waardoor de derde inslag tot stilstand komt. Kaworu is dan te zien, neerdalend naar de aarde in eenheid 06, met een ongewoon boze blik op zijn gezicht. Hij belooft dat hij Shinji deze keer geluk zal brengen.
In de volgende film, 3.0: You can (not) redo, speelt Kaworu een veel grotere rol. Als Asuka en Shinji in Unit 01 op aarde vallen, zegt Kaworu dat hij op Shinji heeft gewacht. Vervolgens wordt hij gezien terwijl hij piano speelt in Nerv HQ, nadat Shinji daar door eenheid 00 naar toe is gebracht. Shinji's vader vertelt Shinji later dat hij copiloot wordt van een nieuwe Evangelion eenheid, eenheid 13, naast Kaworu (zonder Kaworu's naam te noemen). Kaworu roept Shinji dan en vraagt of hij piano wil spelen. Hij aarzelt eerst, maar met Kaworu's begeleiding kunnen de twee samen een prachtig duet spelen, ondanks Shinji's bewering dat hij niet kon spelen. Kaworu stelt zichzelf voor, en vertelt hem dat ze beiden kinderen zijn die door het lot verbonden zijn. Kaworu en Shinji blijven samen piano spelen (wat hen indirect helpt te synchroniseren om later samen eenheid 13 te activeren), en beginnen elkaar als vrienden te zien, waarbij Kaworu opmerkt dat hij "echt in de wieg is gelegd om hem te ontmoeten" - een bijna exact citaat uit zijn rol in de originele serie. Wanneer Shinji zijn angst uit over wat er gebeurd is in de 14 jaar dat hij weg was, laat Kaworu hem de vernietiging van bijna-derde Impact zien, waarbij hij benadrukt dat het allemaal door Shinji kwam, maar hem ook verzekert dat "er altijd hoop is" en later Shinji vertelt dat ze samen alles kunnen herstellen met de twee speren in Central Dogma.
Voordat hij eenheid 13 gaat besturen, verwijdert Kaworu de DSS choker van Shinji's nek en doet hem om, zodat Shinji niet bang hoeft te zijn voor de dood terwijl ze eenheid 13 activeren. Na de afdaling naar Central Dogma om de speren op te halen, realiseert Kaworu zich echter dat er iets niet klopt. Hij dringt er bij Shinji op aan om de speren niet mee te nemen, maar Shinji schakelt zijn besturing uit en haalt ze er toch uit. Kort daarna, begint de vierde inslag en eenheid 13 ontwaakt. De DSS choker begint te activeren, en Shinji wordt tot wanhoop gedreven door de wetenschap dat hij Fourth Impact heeft veroorzaakt en dat Kaworu, misschien zijn enige vriend op dit punt, op het punt staat te sterven.
Ondanks alles beweert Kaworu dat hij het was die de aanleiding was voor de vierde inslag, omdat hij de 13de Engel werd. Voordat hij sterft, verontschuldigt Kaworu zich bij Shinji voor het feit dat hij hem geen geluk heeft kunnen brengen en belooft dat ze elkaar weer zullen ontmoeten. De halsband ontploft dan, waardoor Shinji bijna-comateus achterblijft, vergelijkbaar met zijn toestand aan het begin van End of Evangelion.
