De architectuur van de AVR-microcontroller werd in 1996 door Atmel ontwikkeld. Zij is gebaseerd op de Harvard microcontroller architectuur. De AVR was een van de eerste microcontrollerfamilies die flashgeheugen op de chip gebruikte voor programmaopslag, in tegenstelling tot het eenmalig programmeerbare ROM, EPROM of EEPROM dat door andere microcontrollers in die tijd werd gebruikt.

Veel mensen denken dat AVR staat voor Alf (Egil Bogen) en Vegard (Wollan)'s Risc processor".

Deze architectuur vervangt de oudere MCS-51 architectuur. Eén machinecyclus van MCS-51 duurt 12 klokcycli en de meeste instructies worden in één machinecyclus uitgevoerd.

AVR-microcontrollers (MCU's) kunnen de meeste instructies ook in één machinecyclus uitvoeren, maar één machinecyclus duurt slechts één klokcyclus. De prestaties per klokcyclus zijn 12 keer hoger met AVR.

De kern heeft 32 registers voor algemeen gebruik die rechtstreeks met de ALU zijn verbonden. Hierdoor kunnen twee onafhankelijke registers worden benaderd en kunnen instructies worden uitgevoerd in één machinecyclus.