Naka leerde programmeren door het kopiëren en debuggen van videogamecode die in tijdschriften was afgedrukt. Deze ervaring maakte dat hij assemblers wilde bestuderen en tijdens zijn schoollessen wilde oefenen met het schrijven van code. Na zijn middelbare school besloot Naka de universiteit over te slaan en in zijn geboortestad te blijven wonen.
Rond 1983, zag Naka dat Sega op zoek was naar programmeer assistenten. Hij besloot te solliciteren. Na een kort sollicitatiegesprek begon hij in april 1984 voor Sega te werken. Zijn eerste taak was het ontwerpen van kaarten en het controleren van floppy disks voor een spel genaamd Road Runner voor de SF-7000. Naka kan zich niet herinneren of het spel ooit is uitgebracht. Zijn eerste grote project was een spel genaamd Girl's Garden. Hij en Hiroshi Kawaguchi maakten het samen als onderdeel van hun trainingsproces.