BioShock 2

Het spel begint in 1958, twee jaar voor de gebeurtenissen van BioShock. Op dat moment is Rapture nog niet in wanorde geraakt. Subject Delta is verantwoordelijk voor de bescherming van een specifieke Little Sister (kleine meisjes wiens taak het is om ADAM te verzamelen, een vloeistof die mensen krachten geeft) genaamd Eleanor. Eleanor wordt aangevallen door Splicers (mensen die verslaafd zijn aan ADAM), maar Subject Delta doodt de Splicers en probeert Eleanor te redden. Het blijkt echter dat haar moeder, Sofia Lamb, de Splicers heeft ingehuurd om Eleanor terug te halen. Vervolgens hypnotiseert ze Subject Delta om zichzelf te doden.

Tien jaar later, acht jaar na de gebeurtenissen van BioShock, komt Subject Delta op mysterieuze wijze weer tot leven. Aangezien Andrew Ryan en Frank Fontaine beiden dood zijn, heeft Sofia Lamb de Rapture overgenomen. In plaats van een samenleving gebaseerd op objectivisme, een filosofie die gelooft dat mensen alleen dingen moeten doen op basis van hun eigenbelang, is Rapture nu een collectivistische samenleving, of een samenleving waar mensen alleen dingen kunnen doen die anderen helpen. Sofia Lamb doet experimenten om uit te zoeken hoe ze haar inmiddels tienjarige dochter, Eleanor, en alle anderen in Rapture kan veranderen in de perfecte mens. Dit is zodat Rapture de perfecte samenleving kan worden, omdat Sofia gelooft dat een perfecte samenleving niet mogelijk is als haar mensen niet ook perfect zijn. Subject Delta wil Eleanor redden voordat Sofia haar experimenten afmaakt.

Onderweg krijgt Subject Delta de hulp van een zakenman genaamd Augustus Sinclair om Eleanor te helpen vinden.

Hoewel de gameplay erg lijkt op die van BioShock, zijn er enkele nieuwe functies aan het vervolg toegevoegd. Ten eerste kan de speler zowel plasmiden (krachten verkregen van ADAM) als wapens tegelijk gebruiken. Daarnaast beschikt de speler over een nieuw wapen genaamd de Hack Tool. Hiermee kan de speler machines van veraf hacken door er Hack Darts op af te schieten. In plaats van een Pipe Dream-achtige minigame te spelen telkens wanneer de speler een machine hackt, speelt de speler een op timing gebaseerde minigame die gebeurt terwijl het spel zich nog afspeelt. De speler kan ook de Hack Tool gebruiken om Mini-turrets te laten vallen. In plaats van de moersleutel is het belangrijkste wapen van de speler de Drill. De Drill heeft een krachtige booraanval die de gezondheid van een vijand snel kan aantasten, maar deze aanval stopt als de Drill Fuel op is. De boor heeft ook een zwakkere melee aanval die geen Drill Fuel gebruikt.

Ook als de speler ervoor kiest om de Little Sisters te adopteren in plaats van ze te oogsten, zal de speler ADAM moeten krijgen door de Little Sisters te beschermen wanneer ze ADAM krijgen van dode Splicers. De speler kan echter de tijd nemen om grondstoffen te verzamelen en vallen op te zetten, omdat de speler zelf kan kiezen wanneer de Little Sister ADAM krijgen. Nadat de speler alle Little Sisters in een level heeft gered, vecht de speler tegen een Big Sister, een Little Sister die is uitgegroeid tot een volwassene. Big Sisters zijn moeilijk te doden omdat ze veel gezondheid hebben, de speler snel kunnen doden en plasmiden kunnen gebruiken om de speler te bestrijden. De speler krijgt echter veel ADAM als hij de Big Sister doodt.