Go-Daigo werd keizer in 1318 toen hij 30 jaar oud was. Dit was niet gebruikelijk voor die tijd. Gewoonlijk werden kleine jongens tot keizer benoemd. Wanneer zij volwassen mannen werden, gingen zij naar religieuze gemeenschappen voor mannen, waar zij een regering opzetten en regeerden, ook al bleven zij in het klooster. Een nieuwe jongen uit de keizerlijke familie werd op de troon gezet. Dit systeem, met een jongen op de troon in het openbaar en een "voormalige" keizer die vanuit een klooster regeerde, werd kloosterheerschappij of insei genoemd.
Go-Daigo wilde zelf over Japan heersen. De regering van de bakufu was zwak omdat zij hun krijgers niet hadden kunnen belonen. Toen de Mongolen binnenvielen, bracht de bakufu een leger en weerhield hen ervan binnen te vallen. Maar de gebruikelijke manier om krijgers te belonen was hen het land en de schatten van de verslagen vijand te geven. Omdat de Mongolen indringers waren, hadden zij geen land voor de shoguns om aan hun krijgers te geven. Dit maakte de krijgers ongelukkig met de shoguns. Go-Daigo begon stilletjes een leger op te zetten om de bakufu te verslaan en de macht over Japan over te nemen, maar hij werd ontdekt. De shogun betrapte hem en zette hem gevangen op de Oki eilanden.
Go-Daigo's aanhangers vochten voor hem terwijl hij op de Oki eilanden was. Een van de generaals van de shogun, Ashikaga Takauji, wisselde van kant. Go-Daigo's kant won, en Go-Daigo regeerde. Zijn heerschappij wordt de Kemmu Restauratie genoemd.
Go-Daigo beloonde Ashikaga Takauji niet met een hoge rang, alleen met de rang van raadsheer. Hij beloonde ook vele van zijn andere aanhangers niet. In 1335 riep Takauji zichzelf uit tot shogun en kwam in opstand. Takauji en zijn leger veroverden Kyoto en stelden daar een van Go-Daigo's verwanten aan als keizer. Go-Daigo vluchtte weg uit Kyoto en vestigde een hof ten zuiden van Nara. Go-Daigo's hof regeerde alleen over het land in de buurt. Zo waren er vele jaren twee mannen die zeiden dat ze keizer van Japan waren.
