John E. Sununu (geboren op 10 september 1964) is een voormalig senator van de Verenigde Staten van New Hampshire en lid van de Republikeinse Partij. Hij zat van 1997 tot 2003 in het Huis van Afgevaardigden van de Verenigde Staten. Sununu diende in de Senaat van de Verenigde Staten van 3 januari 2003 tot 3 januari 2009.
Sununu werd op 10 september 1964 in Boston, Massachusetts geboren als zoon van voormalig gouverneur van New Hampshire John H. Sununu. Hij studeerde aan het Massachusetts Institute of Technology en aan de Harvard Business School. Hij is getrouwd met Kitty Sununu. Zij hebben drie kinderen. Zijn broer, Chris Sununu, is de gekozen gouverneur van New Hampshire.