De Nationale Universiteit van San Marcos werd op 12 mei 1551 in Lima (
Peru) opgericht als de "Real Universidad de la Ciudad de los Reyes" (Echte Universiteit van de Stad der Koningen), door keizer Karel I van
Spanje. Het was de eerste universiteit die officieel (bij koninklijk besluit) in de
Amerika's werd opgericht. De eerste rector was Juan Bautista de la Roca. Tijdens de eerste jaren was het een kloosterinstelling. Pedro Fernández Valenzuela was de eerste wereldlijke rector in 1571. Op 17 september 1574 werd de naam van de evangelist "San Marcos" (Sint Marcus) gekozen als officiële naam voor de belangrijkste universiteit van het Viceroyalty van Peru.
De Universiteit van San Marcos begon haar colleges met de studies theologie en kunsten, na enkele jaren werden de studies rechten en geneeskunde ingevoerd. De onderkoning van Peru Francisco de Toledo hielp bij de secularisatie van de universiteit, toen was het mogelijk om een religieus persoon of een seculier persoon als rector te kiezen. In de 18e eeuw begonnen veel Latijns-Amerikaanse intellectuelen van de universiteit van San Marcos kritiek te leveren op het koloniale systeem. San Marcos en de hogescholen van San Carlos en San Fernando (na te zijn opgenomen in de universiteit) stonden onder toezicht van de onderkoning.
Tijdens de emancipatietijd was de universiteit een zeer belangrijke figuur voor de onafhankelijkheidsbewegingen. Het eerste grondwetgevende congres van Peru vond plaats in de kapel van de universiteit van San Marcos in 1822. In de loop van de 19e eeuw keerde de universiteit terug naar haar lokaal dat bekend stond als de "Casona", naast het universiteitspark. Tot 1946 werd de universiteit gewoonlijk Universiteit van Lima genoemd, maar in dat jaar werd haar naam officieel "Universidad Nacional Mayor de San Marcos" (Nationale Universiteit van San Marcos). In 1951 werd het Stadion van de Universiteit van San Marcos geopend, als onderdeel van de viering van haar 400-jarig bestaan.
Tegenwoordig heeft de Universiteit van San Marcos 20 faculteiten en 62 academische scholen. Het is de enige Peruaanse universiteit die studies aanbiedt in de belangrijkste kennisgebieden (volgens de criteria van UNESCO). San Marcos wordt beschouwd als de belangrijkste Peruaanse universiteit vanwege haar belangrijke rol in de geschiedenis van Peru en haar opmerkelijke alumni en faculteit. Het is de enige Peruaanse universiteit met een Nobelprijswinnaar, Mario Vargas Llosa, onder haar alumni.