Duizenden jaren geleden proberen Darkseid en zijn parademon legers de Aarde te veroveren, maar ze worden verslagen door een gecombineerd leger van mensen, Amazones, Atlantiërs, Olympische goden Zeus, Ares en Artemis, en een Groene Lantaarn. In het heden, wanneer Superman wordt gedood in een gevecht met Doomsday, wekt zijn stervende schreeuw de Moederdozen opnieuw op, apparaten die werden gebruikt om te proberen de Aarde te vernietigen, maar achtergelaten door Darkseid, waardoor Steppenwolf, de verbannen luitenant van Darkseid, wordt gewaarschuwd. Steppenwolf, de verbannen luitenant van Darkseid, waarschuwt Steppenwolf. Steppenwolf, die de dozen wil bemachtigen om de Aarde te veranderen in een kopie van Apokolips, zijn thuisplaneet, valt eerst Themyscira binnen om de Moederdoos te bemachtigen die wordt bewaakt door de Amazones, die een waarschuwing sturen naar Diana Prince.
Diana informeert Bruce Wayne, en terwijl de twee proberen een team van superhelden te vormen in de afwezigheid van Superman, realiseren ze zich dat ze snel moeten handelen nu Steppenwolf de Moederdozen probeert te heroveren. Hoewel Bruce er niet in is geslaagd Arthur Curry te rekruteren, vindt hij Barry Allen en krijgt hij hem zover om mee te doen, maar Diana kan Victor Stone niet overtuigen om mee te doen totdat Victor's vader Silas wordt ontvoerd door de parademons en naar Steppenwolf wordt gebracht. Ondertussen wordt Arthur overtuigd om de Atlantiërs te helpen hun Moederdoos te bewaken. Hij weet Mera te redden wanneer Steppenwolf de buitenpost aanvalt, maar kan niet voorkomen dat de alien de tweede doos meeneemt. Victor arriveert op tijd om Bruce, Diana en Barry te helpen verschillende wetenschappers van S.T.A.R. Labs, waaronder Silas, te redden uit een onderwatergebouw waar Steppenwolf hen ondervraagt over de locatie van de laatste Moederdoos. Hoewel ze Steppenwolf afweren, loopt het gebouw onder water en worden ze pas gered als Arthur arriveert en het water tegenhoudt.
Steppenwolf, die er niet in slaagt de derde doos te bemachtigen, krijgt een visioen van de Anti-Levensvergelijking die Darkseid wil hebben zodat hij over alle universums kan heersen, en beseft dat deze zich op Aarde bevindt. Hij vertelt het Darkseid en DeSaad, en Darkseid belooft hem te verlossen als hij de derde doos kan vinden en de Aarde met de dozen kan transformeren. Ondertussen haalt Victor de Moederdoos terug, die hij had verstopt, en vertelt de rest van het team dat het apparaat door Silas werd gebruikt om zijn leven te redden en hem te herbouwen als cyborg na een verschrikkelijk auto-ongeluk waarbij ook zijn moeder omkwam. Hierna realiseert het team zich dat de doos kan worden gebruikt om Superman weer tot leven te wekken en ze stemmen er allemaal mee in om te proberen hem terug te brengen, hoewel ze zich realiseren dat de doos Steppenwolf hoe dan ook zal waarschuwen. Ze graven het lichaam van Clark Kent op en smokkelen het naar het Kryptonische schip dat wordt bewaakt door S.T.A.R. Labs. Clark wordt weer tot leven gewekt wanneer Barry de kist met zijn snelheid oplaadt, maar omdat hij zijn geheugen kwijt is, valt hij het team aan wanneer Victor hem uit zelfverdediging aanvalt. Lois Lane arriveert en kalmeert Clark voordat hij Bruce kan doden, en ze gaan terug naar Smallville, zodat hij zijn herinneringen kan terugkrijgen.
De doos wordt gelokaliseerd door Steppenwolf, maar voordat hij hem kan pakken, laadt Silas hem op met laserhitte, waardoor hij zelf sterft, zodat Victor de doos kan opsporen. Terwijl het team, zonder Superman, de Moederdoos in Rusland terugvindt in de Batcave, besluit Victor om de "Eenheid" van de dozen zelf te scheiden, waarbij hij Barry rekruteert om hem te helpen een lading te geven om binnen te komen. De vijf helden arriveren als Steppenwolf de dozen probeert te verenigen, waarbij Superman zich later aansluit om hen te helpen Steppenwolf te verslaan, maar ze zijn niet in staat de Eenheid op tijd te stoppen. Als de Eenheid een grote explosie veroorzaakt, weet Barry sneller dan de lichtsnelheid te rennen om de tijd terug te draaien en dit ongedaan te maken, waardoor Victor de vonk krijgt die nodig is om binnen te komen en de dozen te scheiden met de hulp van Superman. Het team doodt vervolgens Steppenwolf en gooit zijn lichaam via een portaal terug naar Apokolips voor de voeten van Darkseid. Darkseid zweert wraak en wil zelf naar de aarde komen om de Anti-Life vergelijking te bemachtigen.
Na de strijd besluiten Bruce, Diana en Alfred Pennyworth Wayne Manor te herbouwen als hoofdkwartier van het team. Barry krijgt een baan bij de politie van Central City, Victor luistert naar een boodschap die Silas heeft achtergelaten, Arthur gaat zijn vader opzoeken en Clark wordt weer verslaggever en Superman. Lex Luthor ontsnapt uit de gevangenis en vertelt Deathstroke de geheime identiteit van Batman. Na nog een nare droom over een wereld waarin Superman wordt gecontroleerd door Darkseid, wordt Bruce wakker en begroet door Martian Manhunter, die de hele tijd op aarde was en zich voordeed als Generaal Swanwick. Hij bedankt Bruce voor het vormen van het team en het verslaan van Steppenwolf voordat hij belooft contact op te nemen om de terugkeer van Darkseid te helpen plannen.