Fallin heeft zich in 2006 niet herkiesbaar gesteld als luitenant-gouverneur. Ze stelde zich kandidaat voor de zetel in het 5e Congresdistrict die was vrijgekomen door Ernest Istook. In de GOP-voorverkiezing van 25 juli kreeg ze de meeste stemmen. Op 22 augustus stond zij tegenover de op de tweede plaats geëindigde burgemeester van Oklahoma City, Mick Cornett, in de tweede ronde van de GOP-verkiezingen. Ze won met 63% van de stemmen.
Fallin werd op 7 november verkozen en versloeg de Democraat Paul David Hunter. Zij is de eerste vrouw die sinds 1921 in het Congres van Oklahoma is verkozen. Alice Mary Robertson was de eerste vrouw die vanuit Oklahoma in het Amerikaanse Congres werd verkozen. Zij legde op 2 januari 2007 haar ambt neer om op 4 januari 2007 in het Congres te worden beëdigd. De gekozen luitenant-gouverneur Jari Askins werd door gouverneur Brad Henry benoemd om de resterende dagen van Fallins ambtstermijn te vervullen.
Fallin won in 2008 gemakkelijk haar herverkiezing. Tijdens haar laatste ambtstermijn in het Congres was Fallin lid van de House Committee on Armed Services, de House Committee on Small Business, en de House Committee on Transportation and Infrastructure.