Manafort wordt door meerdere federale instanties onderzocht. Het Federal Bureau of Investigation (FBI) heeft naar verluidt sinds 2014 een actief strafrechtelijk onderzoek naar hem lopen in verband met zakelijke transacties in Oekraïne. Hij is ook een verdachte in het contraspionageonderzoek van de FBI naar de Russische inmenging in de Amerikaanse verkiezingen van 2016 onder leiding van Robert Mueller.
Arrestatie
Op 30 oktober 2017 gaf Manafort zich over aan de FBI nadat het nieuws bekend werd dat een federale grand jury hem in staat van beschuldiging had gesteld. Zij beschuldigden Manafort van samenzwering tegen de Verenigde Staten, samenzwering om geld wit te wassen, het niet indienen van meldingen van buitenlandse bank- en financiële rekeningen, het zijn van een niet-geregistreerde agent van een buitenlandse opdrachtgever, valse en misleidende FARA-verklaringen, en valse verklaringen.
Op 15 juni 2018 werd de borgtocht van Manafort ingetrokken en werd hij naar de gevangenis gestuurd vanwege beschuldigingen van belemmering van de rechtsgang en geknoei met getuigen die zouden hebben plaatsgevonden terwijl hij huisarrest had. Hij pleitte niet schuldig aan deze aanvullende aanklachten en vanaf juni 2018 is hij momenteel in afwachting van zijn proces.
Veroordeling
Op dinsdag 21 augustus 2018 werd Manafort veroordeeld voor vijf aanklachten van belastingfraude, twee aanklachten van bankfraude en één aanklacht van het niet melden van buitenlandse bankrekeningen. In totaal veroordeelde de jury Manafort op 8 van de 18 aanklachten tegen hem en zei dat het een patstelling was op de andere 10 aanklachten (U.S. District Judge T. S. Ellis III verklaarde een nietig geding over die aanklachten).
