Simon van der Meer was een van vier kinderen. Hij groeide op in Den Haag, Nederland. Zijn vader was onderwijzer en zijn moeder kwam uit een onderwijzersfamilie. Hij ging naar school op het gymnasium van de stad. Hij studeerde af in 1943, toen het Duitse leger Nederland in handen had. In 1945 ging van der Meer naar de Technische Hogeschool in Delft. Daar behaalde hij in 1952 zijn ingenieursdiploma. In 1956 trad hij in dienst van CERN, waar hij tot zijn pensionering in 1990 werkzaam bleef.
In 1966, toen van der Meer met zijn vrienden aan het skiën was in de Zwitserse bergen, ontmoette hij Catharina M. Koopman, die zijn vrouw werd. Zij kregen twee kinderen - Esther (geboren in 1968) en Mathijs (geboren in 1970).
Wetenschappelijk werk
Na het behalen van zijn ingenieursdiploma in 1952, werkte Simon van der Meer voor het Philips Research Laboratorium in Eindhoven. Daar werkte hij vooral aan hoogspanningsapparatuur en elektronica voor elektronenmicroscopen. In 1956 verhuisde hij naar CERN, dat toen nieuw was. Toen hij bij CERN begon, hield hij zich vooral bezig met technisch ontwerp en stroomvoorzieningen. Terwijl hij bij CERN werkte, vond hij het idee van stochastische koeling uit, wat leidde tot de ontdekking van W- en Z-bosonen. In 1984 wonnen van der Meer en Carlo Rubbia de Nobelprijs voor natuurkunde voor hun werk aan het project.