Een haplogroep is een groep van afzonderlijke chromosomen, of afzonderlijke DNA-strengen, die een gemeenschappelijke voorouder hebben. Ze hebben dezelfde mutatie in alle versies.
Haplogroepen tonen een diepe voorouderlijke oorsprong die duizenden jaren teruggaat.
In de menselijke genetica zijn de haplogroepen die gewoonlijk worden bestudeerd de Y-chromosoom (Y-DNA) haplogroepen en de mitochondriale DNA (mtDNA) haplogroepen. Beide kunnen worden gebruikt om genetische populaties te definiëren. Y-DNA wordt alleen van vader op zoon doorgegeven, terwijl mtDNA alleen van moeder op kinderen wordt doorgegeven. Geen van beide recombineert, en dus veranderen Y-DNA en mtDNA alleen door toevallige mutaties zonder vermenging tussen het genetisch materiaal van de ouders.

