Gemeenschappelijke biochemie en genetische code
Alle bekende levensvormen zijn gebaseerd op dezelfde fundamentele biochemische organisatie.
Genetische informatie wordt gecodeerd in DNA, getranscribeerd in RNA, vervolgens vertaald in eiwitten door (sterk gelijkende) ribosomen, met ATP, NADH en andere als energiebronnen, enz.
De overeenkomsten omvatten de energiedrager adenosinetrifosfaat (ATP) en het feit dat alle aminozuren in eiwitten linkshandig zijn (chiraliteit).
Bovendien is de genetische code (de "vertaaltabel" volgens welke DNA-informatie wordt vertaald in eiwitten) vrijwel identiek voor alle bekende levensvormen, van bacteriën tot mensen.
De universaliteit van deze code wordt door biologen algemeen beschouwd als definitief bewijs ten gunste van de theorie van universele gemeenschappelijke afstamming. De analyse van de kleine verschillen in de genetische code heeft ook steun opgeleverd voor universele gemeenschappelijke afstamming. Een statistische vergelijking van verschillende alternatieve hypotheses heeft aangetoond dat universele gemeenschappelijke afstamming aanzienlijk waarschijnlijker is dan modellen met meerdere oorsprongen.
Fylogenetische bomen
Een ander belangrijk bewijs is dat het mogelijk is om gedetailleerde fylogenetische bomen (dat wil zeggen "genealogische bomen" van soorten) te construeren die de voorgestelde verdelingen en gemeenschappelijke voorouders van alle levende soorten in kaart brengen. In 2010 gaf een analyse van beschikbare genetische gegevens, die werden gekoppeld aan fylogenetische bomen, "stevige kwantitatieve steun voor de eenheid van het leven. ...er is nu sterke kwantitatieve ondersteuning, door een formele test, voor de eenheid van het leven.
Traditioneel werden deze bomen opgebouwd met behulp van morfologische methoden, zoals vergelijkende anatomie, embryologie, enz. Sinds kort is het mogelijk deze bomen te construeren met behulp van moleculaire gegevens, gebaseerd op overeenkomsten en verschillen tussen genetische en eiwitsequenties. Al deze methoden leveren in wezen vergelijkbare resultaten op. Dat fylogenetische bomen op basis van verschillende soorten informatie met elkaar overeenkomen, is een sterk bewijs voor een onderliggende gemeenschappelijke afstamming.