Instant messaging toepassingen verschenen in de jaren 1970 op multi-user besturingssystemen zoals UNIX, aanvankelijk om de communicatie te vergemakkelijken met andere gebruikers die op dezelfde machine waren ingelogd, vervolgens op het lokale netwerk, en vervolgens op het Internet. Sommige daarvan maakten gebruik van een peer-to-peer protocol (b.v. talk, ntalk en ytalk), terwijl anderen van peers verlangden dat zij verbinding maakten met een server (zie talker en IRC). Omdat al deze protocollen waren gebaseerd op een consolevenster, kwamen de meeste mensen die halverwege de jaren negentig het internet ontdekten en het gelijkstelden met het web, er niet mee in aanraking.
In de laatste helft van de jaren tachtig en het begin van de jaren negentig bood de on-linedienst Quantum Link voor Commodore 64-computers berichten van gebruiker tot gebruiker tussen klanten die op dat moment met elkaar verbonden waren, die zij "On-Line Messages" (of kortweg OLM) noemden. De bekendere latere incarnatie van Quantum Link, America Online (AOL), biedt een soortgelijk product aan onder de naam "AOL Instant Messages" (AIM). Terwijl de Quantum Link service draaide op een Commodore 64, en alleen gebruik maakte van de PETSCII tekst-grafiek van de Commodore, was het scherm visueel verdeeld in secties en verschenen OLM's als een gele balk met de tekst "Message From:" en de naam van de afzender samen met het bericht over de bovenkant van wat de gebruiker al aan het doen was, en presenteerde een lijst met opties om te antwoorden. Als zodanig zou het kunnen worden beschouwd als een soort GUI, zij het veel primitiever dan de latere Unix, Windows en Macintosh gebaseerde GUI IM programma's. OLM's waren wat Q-Link "Plus Services" noemde, wat betekent dat ze een extra bedrag per minuut in rekening brachten bovenop de maandelijkse Q-Link toegangskosten.
Moderne, Internet-wijde, GUI-gebaseerde messaging clients, zoals zij vandaag bekend zijn, begonnen midden jaren negentig opgang te maken, met ICQ (1996) als eerste, gevolgd door AOL Instant Messenger (AOL Instant Messenger, 1997). AOL verwierf later Mirabilis, de makers van ICQ. Een paar jaar later kreeg ICQ (inmiddels eigendom van AOL) twee octrooien voor instant messaging toegekend door het Amerikaanse octrooibureau. Intussen ontwikkelden andere bedrijven hun eigen toepassingen (Yahoo, MSN, Excite, Ubique, IBM), elk met een eigen protocol en een eigen client; de gebruikers moesten dus meerdere client-toepassingen gebruiken indien zij meer dan één van deze netwerken wensten te gebruiken.
In 2000 werd een open-sourcetoepassing en een op open standaarden gebaseerd protocol met de naam Jabber gelanceerd. Jabber-servers konden fungeren als gateways naar andere IM-protocollen, waardoor het minder vaak nodig was meerdere clients te draaien. Moderne multiprotocol-clients zoals Pidgin, Trillian, Adium en Miranda kunnen elk van de populaire IM-protocollen gebruiken zonder dat een gateway voor de server nodig is.
Onlangs zijn veel instant messaging-diensten begonnen met het aanbieden van videoconferentiefuncties, Voice Over IP (VoIP) en webconferencing-diensten. Web conferencing diensten integreren zowel video conferencing als instant messaging mogelijkheden. Sommige nieuwere instant messaging-bedrijven bieden naast de spraak- en videofuncties ook desktop sharing, IP-radio en IPTV aan.
De term "instant messenger" is een dienstmerk van Time Warner en mag in de Verenigde Staten niet worden gebruikt in software die niet aan AOL is gelieerd. Om deze reden kondigde de instant messaging client die vroeger bekend stond als Gaim of gaim in april 2007 aan dat hij zou worden omgedoopt tot "Pidgin".