Linux Mint is gebaseerd op Ubuntu en beide distributies hebben veel gemeen. Beide distributies gebruiken dezelfde software repositories. Bijvoorbeeld, release 2.2 ("Bianca") gebruikt de pakketpools van Ubuntu "Edgy Eft" (6.10). De meeste pakketten zijn hetzelfde op beide distributies en de twee systemen gedragen zich vrijwel identiek.
De meeste verschillen zitten op de desktop. Ubuntu en Linux Mint richten zich allebei op gebruiksvriendelijkheid, maar Linux Mint biedt een andere gebruikerservaring, en het bevat een aantal toepassingen die niet beschikbaar zijn in Ubuntu (zie de eerder genoemde Mint Tools).
Veel populaire multimedia codecs zijn standaard geïnstalleerd in Linux Mint. Ubuntu, en vele andere gratis GNU/Linux distributies, distribueren deze codecs niet met de initiële installatiemedia vanwege problemen met patenten.
Ubuntu heeft een veel grotere ondersteuningsgemeenschap dan Linux Mint. Het merendeel van de Ubuntu hulp en advies is echter ook van toepassing op Linux Mint. Ubuntu ondersteunt meer talen vanaf de Live CD, en komt met betere lokalisatie. []