De kapers werden geleid door Ziad Jarrah, een lid van Al-Qaeda. Jarrah werd geboren in Libanon. Hij verhuisde in 1996 naar Duitsland en schreef zich in aan de universiteit van Greifswald om Duits te studeren. Een jaar later verhuisde hij naar Hamburg, Duitsland en begon hij luchtvaarttechniek te studeren aan de Hamburg University of Applied Sciences. Toen hij in Hamburg woonde, sloot Jarrah zich aan bij een radicale Hamburgse cel van terroristen.
In november 1999 vertrok Jarrah naar Afghanistan, waar hij drie maanden verbleef. In Afghanistan ontmoette hij in januari 2000 Al Qaida-leider Osama bin Laden. Jarrah keerde eind januari terug naar Duitsland en verkreeg in februari een nieuw paspoort zonder Afghaanse paspoortstempels door zijn paspoort valselijk als gestolen op te geven.
In juni 2000 kwam Jarrah aan in Florida. Hij begon met vlieglessen en training in man-tegen-man gevechten.
Vier andere kapers werden getraind om fysiek te vechten met de bemanning. Drie van hen vergezelden Jarrah op vlucht 93. Dat waren Ahmed al-Nami, Hamza al-Ghamdi en Mohand al-Shehri.
Op 3 augustus 2001 vloog de beoogde vijfde kaper, Mohammed al-Qahtani, vanuit Dubai naar Orlando, Florida, VS. Hij werd ondervraagd door ambtenaren, die niet geloofden dat hij zichzelf kon onderhouden met slechts 2.800 dollar contant geld, en vermoedden dat hij van plan was een illegale immigrant te worden omdat hij gebruik maakte van een enkele reis. Hij werd teruggestuurd naar Dubai en keerde later terug naar Saoedi-Arabië.
Om 5:01 uur in de ochtend van 11 september pleegde Jarrah een mobiel telefoontje vanuit Newark naar Marwan al-Shehhi, de kaper-piloot van United Airlines Vlucht 175, in Boston. Dit telefoontje was blijkbaar om te bevestigen dat de aanslagen klaar waren om te beginnen.
Haznawi en Ghamdi gingen om 07:39 uur aan boord van het vliegtuig en zaten respectievelijk op de eerste klas stoelen 6B en 3D. Nami stapte één minuut later aan boord en nam plaats op stoel 3C in eerste klasse. Voordat hij in het vliegtuig stapte, pleegde Jarrah vijf telefoontjes naar Libanon, één naar Frankrijk en één naar zijn vriendin, Aysel Sengün, in Duitsland, aan wie hij de dag ervoor een afscheidsbrief had gestuurd. Hij zei drie keer "Ik hou van je" en hing op toen ze vroeg wat er aan de hand was.
Terwijl de aanvallen zich ontvouwden, begonnen de luchtverkeersleiders waarschuwingen te geven via het Aircraft Communication Addressing and Reporting System (ACARS). Ed Ballinger, de United flight dispatcher, begon om 09:19 uur, 17 minuten nadat hij zich bewust werd van de inslag van vlucht 175, cockpit sms waarschuwingen te sturen naar United Airlines vluchten. Ballinger was verantwoordelijk voor meerdere vluchten, en hij stuurde het bericht naar Vlucht 93 om 09:23. Ballinger ontving een routine ACARS bericht van Vlucht 93 om 09:21: "Goedemorgen...Mooie clb (klim) uit EWR [Newark Airport]." Het bericht gaf commentaar op het uitzicht vanuit de cockpit en het weer, en was afgetekend met de initialen "J.", wat aangaf dat het afkomstig was van Jason Dahl, die Ballinger kende. Om 09:22, na het vernemen van de gebeurtenissen in het World Trade Center, liet LeRoy Homer's vrouw, Melody Homer, een ACARS-bericht naar haar man in de cockpit sturen om te vragen of hij in orde was. Om 09:24 uur ontving Vlucht 93 de ACARS-waarschuwing van Ballinger: "Pas op voor binnendringen in de cockpit - twee vliegtuigen hebben het World Trade Center geraakt". Om 09:26, nadat de piloten tweemaal hadden ingecheckt met een routine hoogte- en weerrapport aan een luchtverkeersleider in het FAA Cleveland Centrum, schreef Dahl een haastig, verkeerd gespeld ACARS antwoord: "Ed cofirm latest mssg plz -Jason". Om 09:27:25, toen het vliegtuig het luchtruim van Oost-Ohio binnenkwam, reageerde de bemanning op een routine radio-oproep van een verkeersleider van Cleveland, die hen vertelde uit te kijken naar een ander vliegtuig op twaalf mijl afstand en op tweeduizend voet boven hen. Ze zeiden dat het contact negatief was en dat ze aan het zoeken waren. Dit was de laatste communicatie van de bemanning voor de kaping.
De kaping begon om 09:28 uur. Tegen die tijd waren vluchten 11 en 175 al neergestort in het World Trade Center en vlucht 77 was binnen negen minuten in het Pentagon. De kapers op deze vluchten hadden niet meer dan dertig minuten gewacht om het vliegtuig te vorderen, waarschijnlijk nadat het gordelsignaal was uitgezet en de cabineservice was begonnen. Het is onbekend waarom de kapers van vlucht 93 46 minuten hebben gewacht om hun aanval in te zetten. Volgens rapporten van passagiers en bemanning bonden de kapers rode bandana's om hun hoofd en sprongen uit hun stoelen. Om 9:28:05, terwijl de vlucht op 35.000 voet boven Oost-Ohio vloog, daalde het vliegtuig abrupt 685 voet. Om 09:28:17, elf seconden na de daling, hoorde Cleveland een man in de cockpitradio schreeuwen: "Mayday! Mayday! Mayday!" Een tweede schorre kreet luidde: "Hey! Maak dat je wegkomt!". Luchtverkeersleider John Werth van Cleveland wist niet waar de oproep vandaan kwam en kon alleen opmaken wat hij hoorde als "gewoon wat knorrende, knorrende geluiden". Hij antwoordde: "Belt er iemand Cleveland?", voordat hij de snelle daling van vlucht 93 opmerkte en om 09:28:50 een andere transmissie vanuit de cockpit hoorde, geschreeuw naast een nog wanhopiger en onduidelijker refrein: "Hé! Ga hier weg! Ga hier weg!" De commissie kwam niet tot de conclusie of het Dahl of co-piloot LeRoy Homer was die de noodoproep deed, maar toen Melody Homer en Sandy Dahl, de vrouw van Jason Dahl, samen naar de band luisterden, beweerde Melody Homer de stem van haar man te hebben herkend als de man die schreeuwde. De vlucht daalde 685 voet (209 m) in een halve minuut voordat de kapers het vliegtuig stabiliseerden op 34.315 voet, en al snel in zuidoostelijke richting begonnen te klimmen. Van de vier gekaapte vliegtuigen op 9/11 was Vlucht 93 het enige vliegtuig dat een noodoproep uitzond. Waarschijnlijk omdat de piloten waren gewaarschuwd voor de aanvallen op het World Trade Center en om op te passen voor inbraak in de cockpit, drukten zij, toen de kapers hen aanvielen, met opzet op de spreekknop van de radiomicrofoon, zodat geluiden van de worsteling in de cockpit werden gehoord door de grondverkeersleiders van de FAA en door piloten van vliegtuigen op dezelfde radiofrequentie. Werth geloofde dat het niet alleen een roep om hulp was, maar ook een waarschuwing. Tijdens de volgende twee minuten deed Werth zeven pogingen om Vlucht 93 te contacteren, zonder antwoord, terwijl andere verkeersleiders nabije vluchten uit de weg haalden.
De cockpit voice recorder begon de laatste dertig minuten van vlucht 93 op te nemen om 09:31:57 uur. Op dat moment werd de stem van een kaper opgenomen, vermoedelijk Jarrah, die met een stamelend accent Engels sprak en zwaar ademde en hijgde, blijkbaar van inspanning, misschien van een worsteling: "Dames en heren: hier is de kapitein. Gaat u alstublieft zitten. We hebben een bom aan boord. Ga dus zitten." De commissie dacht dat Jarrah een aankondiging wilde doen aan de passagiers, maar de verkeerde schakelaar indrukte, waardoor de boodschap naar de verkeersleiders van Cleveland werd gestuurd; Mohamed Atta had dezelfde fout gemaakt op vlucht 11. Werth begreep de transmissie en probeerde de kaperpiloot aan de praat te houden. Hij antwoordde: "Oproep aan Cleveland centrum, u bent onleesbaar. Zeg het nog eens, langzaam." Hij stuurde een nieuw sms-waarschuwingsbericht naar Vlucht 93: "High Security Alert. Beveiligde cockpit." Werth vroeg andere piloten in zijn sector om Vlucht 93 te volgen, om het gekaapte vliegtuig in het oog te houden.
Uit de vluchtopnames blijkt dat een gewonde man, vermoedelijk Dahl, kreunde in de cockpit. De man smeekte herhaaldelijk: "Niet meer" of "Nee", terwijl de kapers riepen dat hij moest gaan zitten en dat hij moest stoppen met iets aan te raken. Sandy gelooft dat Dahl acties ondernam om de kapers te dwarsbomen, waaronder mogelijk het uitschakelen van de automatische piloot en het omleiden van de radiofrequentie van het vliegtuig, zodat Jarrahs pogingen om met de passagiers te communiceren in plaats daarvan werden doorgegeven aan de luchtverkeersleiders.
Tom Burnett voerde vanaf 09:30:32 verschillende telefoongesprekken met zijn vrouw vanaf rij 24 en 25, hoewel hem een stoel was toegewezen in rij 4. Burnett verklaarde dat het vliegtuig was gekaapt door mannen die beweerden een bom te hebben. Hij zei ook dat een passagier was neergestoken met een mes en dat hij geloofde dat de bommelding een list was om de passagiers onder controle te houden. Hij zei haar de autoriteiten te bellen en hing toen op. Tijdens zijn tweede gesprek met haar zei Burnett dat de neergestoken passagier dood was; hij controleerde op een pols maar vond er geen. Men denkt dat passagier Mark Rothenberg het slachtoffer was. Rothenberg was de enige eerste klas passagier die niet belde na de kaping. Rothenberg zat in 5B, en Haznawi zat direct achter hem in 6B. Op vlucht 11 viel Satam al-Suqami op stoel 10B passagier Daniel Lewin aan, die recht voor hem zat in 9B. Eén veronderstelling is dat Haznawi Rothenberg aanviel, zonder aanleiding, om andere passagiers en bemanning bang te maken. Een andere mogelijkheid is dat Rothenberg probeerde de kaping te stoppen en de kapers te confronteren. Burnett's vrouw informeerde hem over de aanvallen op het World Trade Center en hij antwoordde dat de kapers "erover spraken om dit vliegtuig te laten neerstorten. ... Oh mijn God. Het is een zelfmoordmissie." Hij begon haar te vragen naar informatie over de aanvallen en onderbrak haar af en toe om de anderen in de buurt te vertellen wat ze zei. Daarna hing hij op. In zijn volgende gesprek zei Burnett, die op de hoogte was van de aanval op het Pentagon, dat hij een plan aan het maken was en dat "een groep" hem hielp. Hij eindigde zijn laatste gesprek met: "Maak je geen zorgen, we gaan iets doen."
In de cockpit bleef de gewonde man jammeren en schijnbaar herhaalde hij het uitschakelen van de automatische piloot, want om 09:40 uur klonken er toeters die erop wezen dat de kapers herhaaldelijk problemen hadden met de automatische piloot en aan een groene knop zaten te prutsen. "Deze groene knop?" vraagt een van de kapers aan de ander in het Arabisch. Een andere kaper antwoordde: "Ja, dat is hem." Om 09:41:56 zei de gewonde man op kreunende toon: "Oh, man!".
