Na de aanslag gaven de Verenigde Staten de schuld aan Al-Qaeda, dat volgens de VS een terroristische groepering was. President George W. Bush zei dat hij een "War on Terror" zou beginnen. Hij bedoelde dat de Verenigde Staten meer dingen zouden doen om te proberen het terrorisme in de toekomst te stoppen. Bush zei dat dit bedoeld was om Amerikanen en hun eigendommen te beschermen tegen terroristen. Zo zou de Amerikaanse overheid worden gereorganiseerd. De beveiliging en controle op openbare plaatsen werd versterkt, vooral op vliegvelden. Amerikanen kregen elke dag te horen of er een ernstige dreiging van terrorisme was. (Dit werd gedaan door een kleur voor de dag te geven. Rood betekende een hoog risico, groen betekende een laag risico, en er waren vele niveaus tussenin).
De War on Terror leidde ook tot echte oorlogen. De leider van Al Qaida, Osama bin Laden, woonde in het Islamitisch Emiraat Afghanistan. De Verenigde Staten vertelden de regering van Afghanistan, de Taliban genaamd, om bin Laden aan hen over te dragen. De Taliban wilde dit niet doen. De leider van de Taliban, Mullah Muhammad Omar, eiste bewijs te zien van de regering van de Verenigde Staten. Als er geen bewijs werd gegeven, zei Mullah Omar dat hij bin Laden niet zou uitleveren. President George W. Bush zei dat hij geen bewijs hoefde te leveren. De Verenigde Staten voerden vervolgens oorlog tegen Afghanistan. De Taliban werd uit de macht gezet, er kwam een nieuwe regering en een nieuwe president werd gekozen door het Afghaanse volk.
Terwijl dit gebeurde, veranderde de regering van de Verenigde Staten op een paar manieren. Het Department of Transportation (DOT) van de Verenigde Staten richtte de Transportation Security Administration (TSA) op. Vóór 9/11 werd de beveiliging op Amerikaanse luchthavens verzorgd door de luchtvaartmaatschappijen. Door de TSA werd het de taak van de overheid om te zorgen voor de beveiliging van luchthavens. Nieuwe agenten werden door de TSA aangenomen om op luchthavens te werken en als air marshals op vliegtuigen te vliegen. De TSA zorgt ook voor de beveiliging van Amerikaanse treinen en metro's. Er werd ook een nieuw ministerie van Binnenlandse Veiligheid opgericht. Het werd hun taak om Amerikanen en hun eigendommen binnen de Verenigde Staten te beschermen. Toen dit departement werd opgericht, verhuisde de TSA van het DOT naar Homeland Security.
Na het verslaan van de Taliban vond president George W. Bush dat de VS Irak moesten binnenvallen. Hij meende dat Irak terroristische groeperingen hielp, waaronder Al Qaida. Hij zei dat hij bewijs had dat Irak ook massavernietigingswapens maakte. Hij stuurde minister van Buitenlandse Zaken Colin Powell naar de Verenigde Naties om hen enkele van die bewijzen te tonen. In maart 2003 begonnen de Verenigde Staten met de invasie van Irak. (Vier andere landen namen ook deel, waaronder het Verenigd Koninkrijk, Australië, Polen en Denemarken). De regering van Irak werd omvergeworpen en de bevolking van Irak koos een nieuwe regering. Er werden geen massavernietigingswapens gevonden in Irak.
Op 2 mei 2011 doodden Navy SEALs van de Verenigde Staten al-Qaeda-leider Osama bin Laden, die de aanslagen van 11 september 2001 en andere terreurpogingen leidde.