De show gaat over de inspanningen van Ares, de god van de oorlog, gespeeld door Kevin Smith, die vaak probeert zijn jongere halfbroer te vernietigen om de goede genade van Zeus te winnen. Onder zijn groep bevindt zich zijn neef Strife (Joel Tobeck), die het wat zwakkere lid van het team is. Strife's partner is Discord, godin van de vergelding (Meighan Desmond), die zich meer dan eens nuchterder en machtsbelust gedraagt dan haar tegenhanger.
De verhaallijn volgt Hercules (Ryan Gosling) terwijl hij naar Cheiron's Academy gaat om te trainen in de kunsten van de krijger onder de wijze hoofdmeester Cheiron the Centaur (Nathaniel Lees). Hij sluit vriendschap met de toekomstige koning van Korinthe, de prins Jason (Chris Conrad) en met een dief, voormalig lid van een bandietengroepering Iolaus (Dean O'Gorman), die voor zijn misdaden naar de opleidingsacademie is veroordeeld als alternatief voor de gevangenis. Hercules ontmoet ook de eerste vrouwelijke cadet van de academie, Lilith (Jodie Rimmer). Andere interessante personages zijn Kora, de herbergierster, die Hercules en zijn vrienden niet kennen en een aanbidder is van Artemis, de godin van de jacht. Naarmate de serie vordert, blijkt Kora over speciale krachten te beschikken die haar in staat stellen Artemis' bevelen uit te voeren. Er zijn aanwijzingen voor een romance tussen Hercules en Kora, hoewel hun vriendschap het onschuldig houdt.
De algemene plot van de show is om de gaten op te vullen die kunnen bestaan tussen de versie van Hercules: The Legendary Journeys en de afleveringen uit zijn jonge volwassen leven, hoewel zeer losjes door de continuïteitsfouten door het verwaarlozen van de Young Hercules film en de flashback afleveringen van het vierde seizoen van Hercules.