Sancho VI erfde een verzwakt koninkrijk, dat vaak werd aangevallen door het koninkrijk Castilië van Alfonso VII en door het graafschap Barcelona van Ramon Berenguer IV, ook koning van Aragon, die in 1140 de verdeling van het koninkrijk had goedgekeurd in het Verdrag van Carrión.
Hij trachtte de grenzen van zijn koninkrijk, die door de verdragen van Tudején en Carrión, die hij in zijn eerste regeerperiode met Castilië en Aragón had moeten ondertekenen, waren verminderd, te herstellen. Bij de overeenkomst van Soria werd Castilië uiteindelijk bevestigd in zijn bezit van veroverde gebieden. Tegen de achtergrond van een mogelijke militaire Castiliaanse overname van verdere westelijke Navarrese gebieden, bevestigde Sancho VI opnieuw zijn koninklijk gezag door in 1181 verschillende steden te stichten, waaronder San Sebastián, Vitoria en Treviño.
Hij stond vijandig tegenover graaf Raymond Berengar IV van Barcelona, maar Raymond's zoon koning Alfonso II van Aragon verdeelde de aan Murcia ontnomen landerijen met hem bij het verdrag van Sangüesa in 1168. In 1190 sloten de twee buren in Borja opnieuw een pact voor wederzijdse bescherming tegen de Castiliaanse expansie.
Hij stierf op 27 juni 1194 in Pamplona, waar hij begraven is.
