Vroege carrière (San Diego Chargers, BC Lions, Washington Redskins)
In 1993 werd Green als zesentwintigste gekozen in de achtste ronde en 222ste overall door de San Diego Chargers. Hij bracht een jaar door als back-up en zag geen speeltijd. Nadat hij in 1994 door de British Columbia Lions van de Canadian Football League werd uitgeschakeld, ging hij naar de Washington Redskins. Behalve één pass in 1997, zou hij geen NFL-actie zien tot 1998, toen hij 3.441 yards, 23 touchdowns en 11 intercepties gooide.
Green's doorbraakseizoen kwam net op tijd, want na het seizoen 1998 werd hij een unrestricted free agent. Hij wees een aanbod van 4 jaar en 12 miljoen dollar van de Redskins af.
Eerste periode bij de Rammen
Op 15 februari 1999 ging Green akkoord met een 4-jarig contract van 17,5 miljoen dollar met de St. Louis Rams, inclusief een tekenbonus van 4,5 miljoen dollar. In 1999 zou Green de starter worden van de Rams, maar hij liep in een voorseizoen een verschrikkelijke knieblessure op door een klap van Rodney Harrison van de Chargers. De onvolprezen reserve Kurt Warner nam de plaats in van Green en leidde de Rams naar een 13-3 seizoen met als hoogtepunt een dramatische 23-16 overwinning op de Tennessee Titans in Super Bowl XXXIV.
In 2000 begon Green het seizoen als back-up van Warner, de regerende NFL MVP. Hij begon vijf wedstrijden in het midden van het seizoen terwijl Warner uitviel met een gebroken hand. Green en Warner leidden samen de Rams naar het op dat moment hoogste aantal passers in de geschiedenis van de NFL. Met Warner terug als quarterback werden de Rams in de wild card ronde verstoord door de New Orleans Saints. Green werd in het tussenseizoen verhandeld naar de Kansas City Chiefs voor de 12e keus in de 2001 NFL Draft.
Kansas City Chiefs
Tijdens zijn eerste seizoen in Kansas City had Green het moeilijk ondanks de aanwezigheid van tight end Tony Gonzalez en running back Priest Holmes. Hij gooide 3.783 yards en 17 touchdowns, maar gooide ook 24 intercepties. Green liet een duidelijke verbetering zien in 2002, toen hij 26 touchdowns gooide tegen slechts 13 intercepties en de Chiefs 8-8 werden. Opmerkelijk was ook dat Green op 22 december 2002 het record vestigde van langste pass in de geschiedenis van de NFL (99 yards) met een pass naar Marc Boerigter in een wedstrijd tegen de San Diego Chargers. In 2003 brak Green door met 4.039 yards, 24 touchdowns en 12 intercepties. Hij leidde de Chiefs naar een 13-3 record en een eerste ronde bye in de play-offs. In de divisionele play-off wedstrijd verloren ze echter met 38-31 van Peyton Manning en de Indianapolis Colts. De wedstrijd was opmerkelijk omdat er geen punts waren door beide teams, een primeur in de geschiedenis van de NFL playoffs. Green werd dat jaar gekozen voor zijn eerste Pro Bowl. Het volgende seizoen werden de Chiefs 7-9 toen Priest Holmes een knieblessure opliep in de achtste wedstrijd tegen de Tampa Bay Buccaneers in Tampa, Florida en de rest van het reguliere seizoen miste. Op dat moment leidde hij de competitie in zowel rushing als scoren. Green had echter nog steeds een geweldig jaar met 4.591 yards, 27 touchdowns en 17 intercepties. Zijn totaal voor 2004 was de op één na beste van Minnesota's Daunte Culpepper.
In 2005 verbeterden de Chiefs, met een verbeterde verdediging, hun record tot 10-6, maar haalden de play-offs niet. Green had opnieuw een sterk seizoen in 2005, hij gooide 4.010 yards (alleen tweede na New England's Tom Brady), en gooide slechts 10 intercepties, zijn laagste seizoenstotaal ooit. Green werd na het seizoen gekozen voor zijn tweede Pro Bowl. Green heeft de onderscheiding van vier opeenvolgende seizoenen met een QB rating van 90,0 of beter, waarvan drie met meer dan 4.000 passing yards. Green begon 80 wedstrijden op rij tijdens zijn eerste vijf jaar bij de Chiefs, een teamrecord.
Green's seizoen 2006 kwam in gevaar door een zware hersenschudding die hij opliep tijdens de eerste wedstrijd van het seizoen op 10 september 2006 tegen de Cincinnati Bengals in Kansas City. Green probeerde tijdens een derde kwart een sliding te maken, maar werd hard geraakt door Cincinnati verdediger Robert Geathers, die zijn schouders had laten zakken, maar in plaats daarvan de quarterback in een ongebruikelijke positie raakte. De official stelde echter vast dat er geen overtreding was begaan en Geathers hield vol dat hij had geprobeerd te controleren, maar werd geduwd door Chiefs-ontvanger Eddie Kennison. CBS-omroeper Randy Cross, een voormalige offensieve lineman bij de San Francisco 49ers, geloofde dat de klap onbedoeld was en steunde de beslissing van de officials. De officials van de National Football League namen hetzelfde standpunt in en weigerden op 13 september 2006 Robert Geathers te beboeten omdat hij zijn lichaam niet volledig onder controle had. Green raakte bewusteloos en de wedstrijd werd meer dan vijftien minuten uitgesteld terwijl hij medische verzorging kreeg. Naar verluidt kwam hij in de tunnel weer bij bewustzijn en kon hij zich de wedstrijd niet meer herinneren. Volgens Chiefs general manager Carl Peterson onthulden de eerste doktersbezoeken een "zeer, zeer zware hersenschudding" en verklaarden zij dat Green voor onbepaalde tijd uitgeschakeld zou zijn.
Op zaterdag 21 oktober 2006 werd gemeld dat Green van artsen toestemming had gekregen om terug te keren naar de training. Chiefs president en general manager Carl Peterson zei dat dit niet betekent dat hij kan spelen. Peterson bevestigde dat Green's terugkeer naar de training zal plaatsvinden in een gecontroleerde omgeving om te zien hoe ver hij is in zijn herstel van een "zeer, zeer zware hersenschudding".
Op 15 november 2006 kondigde de hoofdcoach van de Kansas City Chiefs, Herman Edwards, aan dat Green zijn baan als startende quarterback terug zou nemen van Damon Huard, die het overnam toen Green een hersenschudding opliep.
Green's carrière in Kansas City eindigde met nog een play-off verlies tegen Peyton Manning en de Indianapolis Colts in de Wild-Card ronde van de 2006 NFL Playoffs.
Op 27 februari 2007 werd Damon Huard opnieuw getekend door de Chiefs voor 7,5 miljoen dollar over 3 jaar, waardoor een "quarterback controverse" ontstond in Kansas City. Green werd aanvankelijk gevraagd om een salarisverlaging voor 2007, en had toestemming gekregen om een ruil te zoeken naar een ander team. Geïnteresseerde teams waren onder meer de Miami Dolphins (die de Chiefs een zevende ronde draft pick aanboden, maar de Chiefs weigerden en zochten een vijfde ronde pick), de Detroit Lions en de Cleveland Browns waren ook geïnteresseerd in Green voorafgaand aan de 2007 NFL Draft. Green werd niet verhandeld in het weekend van de draft, zoals eerder werd verwacht. Green zei dat hij niet zou terugkeren naar Kansas City, waardoor zijn vrijlating mogelijk werd. Green had de Chiefs verteld dat Miami zijn voorkeur had, omdat hij daar eerder werkte onder zowel hoofdcoach Cam Cameron als quarterbacks coach Terry Shea.
Miami Dolphins
Op 5 juni 2007 stemden de Chiefs ermee in Green te verhandelen aan de Miami Dolphins voor een voorwaardelijke vijfde ronde pick in de 2008 NFL Draft, in afwachting van een fysieke test van Green die vervolgens werd doorstaan. Green werd voorgesteld tijdens een nieuwsconferentie in Miami op 6 juni. De draft pick zou een vierde ronde pick zijn geworden als Green meer dan 70 procent van de aanvallende spelen van Miami zou spelen. Op 20 augustus benoemden de Dolphins Green tot starter met Cleo Lemon als zijn back-up, ondanks het feit dat geen van beiden tot dan toe een touchdown pass had gegooid in het voorseizoen. Tweede keus John Beck werd benoemd tot derde reserve.
Green's positie bij zijn nieuwe team - en ook zijn carrière - kwam direct in gevaar op 7 oktober toen hij opnieuw een zware hersenschudding opliep vroeg in een wedstrijd tegen de Texans in Houston. Met iets minder dan 4 minuten te spelen in het eerste kwart, zette Green zijn schouder laag tegen de knieën van de 315-pond zware Houston defensive tackle Travis Johnson in een succesvolle poging om hem te blokkeren in een spel dat begon met een fumbled handoff naar Dolphins rookie wide receiver Ted Ginn Jr. Ginn, die van rechts naar links door het achterveld liep toen de uitwisseling werd gefrummeld, herstelde de bal bij de zijlijn en keerde vervolgens het veld. Johnson ging neer in een verpletterende tuimeling op het blok op hetzelfde moment dat Green op de grond viel, buiten westen nadat hij Johnson's knie had geraakt met zijn helm. Toen Johnson opstond en zag dat Ginn was gestopt en het spel was beëindigd, liep hij onmiddellijk naar het lichaam van Green en stak zijn vinger naar de bewegingsloze quarterback. Johnson kreeg een 15-yard penalty voor uitdagen, en medisch personeel kwam snel naar Green toe. Na bijna vijf minuten op het veld te zijn onderzocht, werd Green op een brancard afgevoerd en nam Cleo Lemon zijn plaats in.
Na de wedstrijd had een boze Travis Johnson harde woorden voor Green. Hij vergeleek hem met "de vogelverschrikker [die] moed wil vatten" en noemde het blok "kwaadaardig". Texans hoofdcoach Gary Kubiak, die Johnson in zekere zin gelijk gaf door te zeggen dat NFL officials de regels voor "chop" blokken moeten herzien, noemde Johnson's reactie over een gevallen speler ook "onvergeeflijk".
Terwijl veel fans en sportjournalisten riepen dat Green met pensioen zou gaan, was Green de vrijdag na de blessure weer bij de ploeg in training, zij het in gewone kleding, na zijn terugkeer uit Kansas City, waar hij werd geëvalueerd door hetzelfde medische team dat in 2006 de diagnose stelde. Coach Cam Cameron had aanvankelijk aangegeven dat Green voor het einde van het seizoen 2007 zou terugkeren. Op 20 oktober 2007 kondigden de Dolphins echter aan dat Green op de geblesseerde reserve zou worden geplaatst, en maakten Cleo Lemon hun startende quarterback. Na het seizoen werd Green één van de negen spelers die op 11 februari 2008 door de Dolphins werden ontslagen.
Tweede periode bij de Rammen
Op 10 maart 2008 ging Green akkoord met een driejarig contract ter waarde van ongeveer 9 miljoen dollar met de St. Louis Rams, waarmee hij terugkeerde bij de ploeg waarvoor hij in 1999 en 2000 speelde. Op 23 september 2008 werd Green de starter voor week 4 tegen de Buffalo Bills. Hij voltooide 17 van de 32 passes voor 236 yards met één onderschepping en een quarterback rating van 64.1. Op 9 november 2008, tegen de Jets, nam Green het over van Marc Bulger nadat Bulger in de eerste helft was uitgeschakeld door de Jets. De Rams ontsloegen Green op 25 februari 2009.
Pensioen
Green trok zich op 12 juni 2009 terug uit het professionele voetbal, omdat hij een carrière als omroeper ambieerde. Green's agent, Jim Steiner, zei: "Hij had een lange, voorspoedige, zeer succesvolle carrière. Hij gelooft dat hij nog steeds kan spelen, maar de vraag is nu niet echt groot en hij is niet het type man dat vier of vijf maanden gaat zitten wachten tot de telefoon gaat."
