In 2002 besloten de eigenaars van de club dat ze de club uit Londen wilden weghalen. Niemand weet precies waarom ze wilden verhuizen. Ze zeiden dat er te veel clubs in Londen waren en dat er niet genoeg mensen naar de wedstrijden kwamen kijken. Dit betekende dat ze aan de poort niet genoeg geld ophaalden om iedereen te betalen en daarom konden ze het zich niet veroorloven om te blijven. Ze keken naar Cardiff en Dublin voordat ze besloten naar Milton Keynes te verhuizen. Milton Keynes is een nieuwe stad die 45 mijl (of 75 kilometer) ten noorden van Londen ligt. Toen ze zeiden wat ze wilden doen, stopten de meeste van hun fans met betalen om wedstrijden te zien, wat betekende dat ze nog minder geld hadden om iedereen te betalen.
Voordat de verhuizing kon plaatsvinden, moesten zij toestemming krijgen van de Football Association (de FA). De FA is de vereniging van alle voetbalclubs in Engeland. De clubs kiezen een comité om te beslissen wat er moet gebeuren. De meeste dingen die zij moeten beslissen zijn gemakkelijk, maar dit was niet gemakkelijk om te beslissen. Of misschien wisten ze wel wat ze moesten beslissen, maar wilden ze het niet zelf zijn. Dus vroegen zij drie slimme mannen om het probleem te bestuderen en hun te vertellen wat het beste zou zijn om te doen. Deze drie mannen zeiden dat de club moest worden toegestaan te verhuizen.
Sommige leden van het comité waren niet blij met dit besluit en probeerden het tegen te houden. Maar de eigenaars van Wimbledon F.C. zeiden dat zij een rechter zouden laten beslissen (in een rechtbank) als iemand hen probeerde tegen te houden. Het kost veel geld om naar de rechter te stappen en wie verliest moet voor iedereen betalen. De andere clubs zouden niet akkoord gaan om te betalen als dit zou gebeuren, dus moest de FA het hier niet mee eens zijn.
Maar het was al te laat voor de eigenaars van Wimbledon F.C. Ze hadden geen geld meer. Ze hadden geld geleend van de bank om door te kunnen gaan, maar nu wilde de bank zijn geld terug. Wanneer je niet kunt terugbetalen wat je hebt geleend, heet dat "failliet gaan" en dat is wat er gebeurde. Gelukkig (of ongelukkig, hangt af van je gezichtspunt) wilde de groep in Milton Keynes die hen eerst had willen laten komen, hen nog steeds. Dus betaalde deze groep een deel van het geld terug en in 2002 verhuisde de club naar Milton Keynes. Ze begonnen te spelen in het National Hockey Stadium, naast het centraal station van Milton Keynes en bleven daar twee jaar tot hun nieuwe stadion klaar was (2006).
Veel voetbalfans in Engeland vonden het idee dat een club kon verhuizen maar niets. Zij vinden dat een club bij een stad hoort en niet zoals een meubelzaak die in de ene stad sluit en in een andere stad opent. Een andere reden waarom zij het niet leuk vonden, is dat zij graag zouden zien dat hun eigen club in de Football League zou komen. De enige manier waarop ze dat kunnen doen is als ze hun regionale competitie winnen, en dan de Football Conference winnen. Zij vonden dus dat Milton Keynes "over de wachtlijst sprong" om in de League te komen. Daarom weigerden veel fans wedstrijden die ze speelden bij te wonen ("boycotten")
