Francisco Javier Varela García (7 september 1946 - 28 mei 2001) was een Chileense bioloog, filosoof en neurowetenschapper.

Varela was, samen met zijn leraar Humberto Maturana, vooral bekend door de introductie van het concept autopoiese in de biologie, en door de medeoprichting van het Mind and Life Institute om de dialoog tussen wetenschap en boeddhisme te bevorderen.