Een nucleus in de anatomie is een hersenstructuur (meervoud = kernen). Het is een compacte cluster van neuronen. Het is een van de twee meest voorkomende vormen van zenuwcelorganisatie, de andere zijn gelaagde structuren zoals de cerebrale cortex of de cerebellaire cortex. Eenzelfde soort structuur in het perifere zenuwstelsel wordt een ganglion genoemd. Sommige van de traditionele namen voor hersenkernen gebruiken ook dat woord.
Op anatomische doorsneden is een kern te zien als een gebied van grijze stof, vaak begrensd door witte stof. De gewervelde hersenen bevatten honderden kernen, die in vorm en grootte variëren. Een kern kan een complexe interne structuur hebben, met verschillende soorten neuronen die in klonters (subnuclei) of lagen zijn gerangschikt.