Tool begon in 1991 toen Keenan en gitarist Jones samen begonnen te oefenen. Tom Morello stelde hen voor aan drummer Danny Carey, die in het gebouw woonde waar ze oefenden, en ook hij sloot zich al snel aan. Basgitarist Paul D'Amour was de laatste die zich bij de band aansloot. D'Amour verliet de band in 1995 om met andere bands te gaan werken. Justin Chancellor werd ingehuurd om hem te vervangen.
Opiaat
Tool maakte zijn eerste album in 1992. Het heette Opiate EP. Om platen te helpen verkopen, gingen ze op tournee. Ze reisden door de V.S. en speelden concerten met twee andere bands, Fishbone en Rage Against the Machine. Tijdens een van hun concerten in 1993, speelde de band in het Celebrity Centre van de Scientology Kerk in Los Angeles. Keenan (die later de tekst "Fuck L. Ron Hubbard and fuck all his clones" zou schrijven), baaide als een schaap gedurende een groot deel van de show.
Resultaten
Het album verkocht aanvankelijk niet veel exemplaren. Nadat Tool populairder werd, kochten meer fans Opiate. Het duurde 13 jaar voordat het album platina gecertificeerd werd door de RIAA. Dat betekent dat het album een miljoen keer is verkocht.
Undertow
Tool's eerste studio-album kwam uit in 1993. Het heette Undertow. In 1994 bracht de band een nummer van het album uit, getiteld "Prison Sex". Bij het nummer hoorde een videoclip die was gemaakt en geregisseerd door Jones. De video werd als "te grafisch en aanstootgevend" beschouwd, en werd slechts een paar keer op MTV gespeeld omdat de video over kindermisbruik ging.
Resultaten
Het album bereikte #50 op de Billboard200 en #1 op de Top Heatseekers. Het werd door de RIAA al na acht maanden goud gecertificeerd, en minder dan een jaar later platina.
Ænima
In oktober 1996 bracht de band hun tweede studio-album uit, genaamd Ænima. Tool begon een lang juridisch gevecht met hun label Volcano Records (voorheen Zoo Records) over problemen met hun contract. Ze eindigden met een nieuw contract waarin stond dat ze nog drie albums zouden maken. De leden van Tool besloten daarna een tijdje afstand te nemen.
Resultaten
Het album werd goud gecertificeerd in 10 weken en bereikte dubbel platina, wat betekent dat het twee miljoen exemplaren verkocht, in 10 maanden. In 1998 won "Ænema" de Grammy Award voor Beste Metal Optreden.
Angst Inoculum
26 januari 2020, Tool heeft Best Metal Performance gewonnen op de 62e GRAMMY Awards voor ("7empest.") Bandleden Justin Chancellor en Danny Carey waren aanwezig om de prijs in ontvangst te nemen.