gouverneurschap van de staat Bayelsa
Jonathan begon zijn carrière in de politiek in 1998, toen hij lid werd van de Democratische Volkspartij (PDP). Jonathan, die vice-gouverneur van de deelstaat Bayelsa was, volgde gouverneur Diepreye Alamieyeseigha op, die door de assemblee van de deelstaat Bayelsa was afgezet nadat hij in het Verenigd Koninkrijk was beschuldigd van het witwassen van geld. In september 2006 werd Jonathans echtgenote door de nationale misdaadbestrijdingsdienst, de Economic and Financial Crimes Commission (EFCC), in staat van beschuldiging gesteld wegens misdrijven in verband met het witwassen van geld.
Presidentiële race
In december 2006 werd Jonathan gekozen als running mate van Umaru Yar'Adua voor het PDP-presidentskandidaat bij de verkiezingen van april 2007. Op 20 april 2007, kort voor de presidentsverkiezingen, was er een gewelddadige aanval van militanten. De politie zei dat mensen hadden geprobeerd Jonathan te doden. Dit is echter niet gebeurd.
Vice-voorzitterschap
Na de verkiezingsoverwinning van de PDP, die volgens sommigen niet eerlijk verlopen was, bliezen militanten op 16 mei het buitenverblijf van Jonathan in Otu-Eke in de deelstaat Bayelsa op; bij de aanslag kwamen twee politieagenten om het leven. Jonathan was er op dat moment niet.
Waarnemend voorzitter
President Umaru Yar'Adua heeft Nigeria op 23 november 2009 verlaten voor een medische behandeling. Hij heeft geen plannen gemaakt voor iemand om zijn taken over te nemen. Op 13 januari 2010 heeft een federale rechtbank vice-president Jonathan de bevoegdheid verleend om de staatszaken waar te nemen wanneer de president afwezig zou blijven. Op 22 januari 2010 bepaalde het Hooggerechtshof van Nigeria dat de Federale Uitvoerende Raad (FEC) 14 dagen de tijd heeft om te beslissen of president Yar'Adua "niet in staat is de functies van zijn ambt uit te oefenen". In een toespraak over het hele land in februari 2010 riep Jonathan alle Nigerianen op om religieuze en etnische verschillen opzij te zetten en samen te werken voor het algemeen welzijn. Jonathan zei: "De gebeurtenissen in het recente verleden hebben onze collectieve vastberadenheid als democratische natie op de proef gesteld," "Het verheugt mij te weten dat onze natie blijk heeft gegeven van veerkracht en eensgezindheid.
Op 9 februari 2010 besloot de Senaat dat de presidentiële macht aan de vicepresident moest worden gegeven. Hij werd benoemd tot waarnemend president, met alle bijbehorende bevoegdheden, tot wanneer en indien Yar'Adua weer volledig gezond zou zijn. De machtsoverdracht werd door advocaten en wetgevers van de oppositie een "coup zonder woord" genoemd. De Nigeriaanse grondwet schrijft voor dat de president schriftelijk moet verklaren dat hij niet in staat is zijn ambt uit te oefenen of dat het kabinet een medisch team stuurt om hem te onderzoeken, maar aan deze bepaling is blijkbaar niet voldaan, waardoor twijfel is gerezen over de grondwettigheid van de actie.
