Op 10 augustus 1855 vroeg president Franklin Pierce Shannon om gouverneur van Kansas te worden. Hij was gouverneur van 7 september 1855 tot 18 augustus 1856. Shannon stuurde vele malen het federale leger naar Kansas. Hij deed dit om het geweld te stoppen.
In mei 1856 kwam een groot pro-slavernij leger naar Lawrence, en zij vielen de stad aan. Dit stond bekend als de "Inname van Lawrence." Shannon probeerde hen niet tegen te houden, en hij bewaakte de mensen van Lawrence of hun eigendommen niet. Shannon verloor de controle over Kansas en ging op 23 juni 1856 naar St. Louis, Missouri. Hij nam ontslag op 18 augustus 1856.