Baldwin County werd gemaakt op 21 december 1809, tien jaar voordat Alabama een staat werd. Daarvoor maakte het graafschap deel uit van het Mississippi Territorium tot 1817, toen het gebied overging in het Alabama territorium.
De grenzen van het graafschap zijn vaak veranderd, en vele legers zijn binnengevallen.
In de eerste dagen van Baldwin County was de stad McIntosh Bluff (nu in Mobile County) aan de Tombigbee River de zetel van het graafschap. Daarna verhuisde de countyzetel in 1810 naar de stad Blakeley en vervolgens in 1868 naar de stad Daphne. In 1900 bepaalde een wet van de wetgevende macht van Alabama dat de provinciezetel moest verhuizen naar de stad Bay Minette. De stad Daphne was niet blij met deze verhuizing, want als zetel van het graafschap betekende dit dat meer mensen de stad bezochten en dat bedrijven meer konden verkopen. Om de provinciezetel naar Bay Minette te verplaatsen, deden enkele mannen uit Bay Minette alsof er een moord was gepleegd. Toen de sheriff en zijn hulpsheriff de stad Daphne verlieten om de moordenaar te zoeken, gingen de mannen uit Bay Minette naar de stad Daphne. Deze mannen haalden de gegevens uit het Baldwin County Courthouse en brachten ze terug naar Bay Minette. Een New Deal muurschildering in het postkantoor van Bay Minette is een schildering van dit verhaal.
Baldwin County ligt dicht bij de Golf van Mexico. Daarom heeft het vaak tropische weersystemen die vaak orkanen zijn. Het weer kan soms erg slecht zijn, en soms wordt de county tot rampgebied verklaard. Bijvoorbeeld in september 1979 door schade van orkaan Frederic, in juli 1997 door orkaan Danny, in september 1998 door orkaan Georges, in september 2004 door schade van orkaan Ivan en opnieuw in augustus 2005 door schade van orkaan Katrina.