Het abdijgebied is 28 ha groot en omgeven door een muur van 3,4 m. Hij werd gebouwd in de 13de eeuw. Sommige delen ervan zijn zichtbaar ten zuiden en ten westen van de abdij.
Het gebied bestaat uit drie concentrische zones die worden doorsneden door de rivier de Skell, die van west naar oost over het terrein stroomt. De kerk en haar gebouwen staan in het centrum van het gebied ten noorden van de Skell. De binnenhof bevat woongebouwen die zich uitstrekken tot aan de rivier en de buitenhof. Hier staan de industriële en agrarische gebouwen.
De oorspronkelijke abdijkerk was gebouwd van hout en "was waarschijnlijk" twee verdiepingen hoog. Ze werd echter al snel door steen vervangen. De kerk werd beschadigd tijdens de aanval op de abdij in 1146 en werd herbouwd, op grotere schaal, op dezelfde plaats. De bouwwerkzaamheden werden rond 1170 voltooid. Dit bouwwerk, dat rond 1170 werd voltooid, was 91 m lang en had 11 traveeën in de zijbeuken.
Gezicht op Fountains Abbey, vanuit het westen naar het zuiden.
Het huis van de abt, een van de grootste in heel Engeland, bevindt zich ten oosten van het latrinegebouw. Gedeelten ervan hangen aan bogen over de rivier de Skell. Het werd in het midden van de twaalfde eeuw gebouwd als een bescheiden bouwwerk van één verdieping. Vanaf de veertiende eeuw werd het uitgebreid en verbouwd. In de 16e eeuw werd het een grootse woning met mooie erkers en grote open haarden. De grote zaal was een grote ruimte van 52 bij 21 meter.
Onder de andere appartementen, voor de aanduiding waarvan zie de plattegrond, bevond zich een huiselijk oratorium of kapel van 14 bij 7 voet en een keuken van 15 bij 12 meter.