John Michael Bishop (geboren 22 februari 1936) is een Amerikaans immunoloog en microbioloog. Hij deelde de Nobelprijs voor Fysiologie of Geneeskunde 1989 met Harold Varmus en was mede-winnaar van de Alfred P. Sloan Prijs 1984. Hij is momenteel actief als faculteitslid aan de Universiteit van Californië, San Francisco.

Bishop is vooral bekend om zijn Nobelprijswinnende werk aan retrovirale oncogenen. In samenwerking met Varmus in de jaren tachtig ontdekte hij het eerste menselijke oncogen, c-Src.

Hun bevindingen toonden aan hoe kwaadaardige tumoren worden gevormd door veranderingen in de normale genen van een cel. Deze veranderingen kunnen worden veroorzaakt door virussen, door straling, of door blootstelling aan bepaalde chemicaliën.