Cellen werden ontdekt door Robert Hooke (1635-1703). Hij gebruikte een samengestelde microscoop met twee lenzen om de structuur van kurk te bekijken, en om bladeren en sommige insecten te bekijken. Hij deed dit vanaf ongeveer 1660, en rapporteerde het in zijn boek Micrographica in 1665. Hij noemde cellen naar het Latijnse woord cella, wat kamer betekent. Hij deed dit omdat hij vond dat cellen op kleine kamers leken.
Vele andere natuuronderzoekers en filosofen probeerden het nieuwe instrument uit. De structuur van planten werd onderzocht door Nehemiah Grew (1641-1712) en Marcello Malpighi (1628-1694). Grew's belangrijkste werk was The anatomy of plants (1682). Het is niet duidelijk wie als eerste dierlijke cellen zag, Malpighi, Jan Swammerdam (1637-1680) of Antonie van Leeuwenhoek (1632-1723).p17
Leeuwenhoeks ontdekkingen en tekeningen van "diertjes" openden een hele nieuwe wereld voor natuuronderzoekers. Protozoa, en micro-organismen in het algemeen, werden ontdekt, en de ontdekkingen daarover gaan nog steeds door. Christian Gottfried Ehrenbergs boek Die Infusionsthierchen vatte samen wat er in 1838 bekend was. Lorenz Oken (1779-1851) schreef in 1805 dat infusoria (microscopische vormen) de basis waren van al het leven.
Het idee dat cellen de basis waren van de grotere levensvormen ontstond in de 18e eeuw. Het heeft enige tijd geduurd om uit te vinden wie het werk deed:
"Het werk van de Tsjech Jan Purkyně (1787-1869) en zijn leerling en medewerker Gabriel Valentin (1810-1883) is door de nationalistische Duitsers ten onrechte verguisd. Zij maken aanspraak op enige voorrang in de celtheorie". Hoofdstuk 9 Johannes Müller (1801-1858) heeft ook grote bijdragen geleverd. "Het waren echter zijn leerling Theodor Schwann (1810-1882) en Matthias Schleiden (1804-1881) die de eer kregen voor de celtheorie, ondanks het feit dat sommige van hun waarnemingen niet correct waren, en hun credits aan eerdere werkers "een aanfluiting" waren.p97
De celtheorie omvat deze belangrijke ideeën:
- Alle levende wezens bestaan uit cellen.
- De cel is de basiseenheid van structuur en functie in alle organismen.
- Elke cel is afkomstig van een andere cel die ervoor leefde.
- De kern is de kern van de cel.