Confederatie van Onafhankelijke Systemen

De Confederatie van Onafhankelijke Stelsels werd voor het eerst getoond in Attack of the Clones. Deze beweging, geleid door kanselier Palpatine, kreeg steun en had al snel steun van duizenden zonnestelsels. De Galactische Republiek vreesde dat er een oorlog zou uitbreken. Graaf Dooku en de Separatistische leiders maakten zich op voor een oorlog. Nute Gunray, leider van de Trade Federation, gaf duizenden battle droids aan het Separatistische leger. Andere leiders, zoals Poggle the Lesser en San Hill, gaven geld en droids aan de Separatistische zaak. Op de planeet Geonosis, ontmoette Graaf Dooku de leiders van machtige bedrijven. Graaf Dooku gaf zijn aanbod en de Confederatie van Onafhankelijke Systemen werd gevormd. De Jedi Obi-Wan Kenobi hoorde de vergadering en stuurde een waarschuwing naar de Republiek. De Republiek stuurde een nieuw gecreëerd kloon leger om tegen de battle droids te vechten. Dit gevecht op Geonosis begon de Clone Wars. De Geonosiaanse Aartshertog Poggle de Kleine geeft de plannen van een nieuw wapen aan Graaf Dooku. Graaf Dooku verlaat de planeet en gaat naar Coruscant. Hij geeft de plannen aan Darth Sidious en vertelt hem dat de oorlog is begonnen.

Tijdens de Clone Wars gingen de gevechten tussen de Republiek en de Separatisten door. Jedi werden gestuurd om de kloon legers te helpen hun vijanden te overwinnen. De droid legers vochten om meer planeten in hun greep te houden. Drie jaar lang vonden de gevechten plaats in de hele Melkweg. De Separatisten kregen verschillende nieuwe bondgenoten tijdens de Clone Wars. Na de dood van Jango Fett op Geonosis, nam een nieuwe premiejager genaamd Durge zijn plaats in. Graaf Dooku vond een vrouw genaamd Asajj Ventress die krachtig was in de Force. Asajj Ventress bleek een krachtige commandant in het Separatisten leger. Een nieuwe leider van de Separatisten stond op in deze tijd. Generaal Grievous was half droid en half alien. Hij werd getraind in lichtzwaardgevechten door Count Dooku en werd gevreesd door Jedi in de hele Melkweg. Een van de laatste en meest gedurfde aanvallen op de Republiek kwam toen generaal Grievous een grote vloot van starships naar Coruscant leidde om Supreme Chancellor Palpatine gevangen te nemen.

Opperkanselier Palpatine wordt van Coruscant gehaald en op het sterrenschip The Invisible Hand gezet. De slag om Coruscant wordt zowel op de grond als in de ruimte uitgevochten. Obi-Wan Kenobi en Anakin Skywalker stappen op The Invisible Hand en redden Palpatine. Tijdens deze redding doodt Anakin Count Dooku. Generaal Grievous ontsnapt en de separatistische troepen worden verslagen. Generaal Grievous, nu de leider van de CIS, gaat naar Utapau om met de leiders van de bedrijven te praten. Grievous wordt verteld door Darth Sidious om de leiders te verplaatsen naar Mustafar. Droid legers vallen Kashyyyk en Utapau aan. Obi-Wan Kenobi doodt Generaal Grievous op Utapau. Nute Gunray wordt de leider na de dood van Graaf Dooku en Generaal Grievous. De nieuwe Sith leerling, Darth Vader, werd naar Mustafar gestuurd om de leiders te doden. Nadat hij deze klus geklaard had, werden alle droid krachten gestopt. Dit betekende het einde van de Confederatie van Onafhankelijke Systemen en het begin van het Galactische Rijk.

• Darth Sidious, verantwoordelijk voor de CIS gedurende zijn hele bestaan...
• Graaf Dooku, leidde de Separatistische beweging tot aan zijn dood...
• Generaal Grievous, bevelhebber van de droid legers...
• Nute Gunray, leidde de Separatisten na de dood van Graaf Dooku en Generaal Grievous.

• Asajj Ventress
• Durge
• OOM-9, tijdens de slag om Naboo...
• Separatistische Raad