Fujita werd in 1869 geboren in de provincie Awa (Tokushima).
In 1895 studeerde hij af aan de Universiteit van Tokio met een diploma in Chinese taalkunde.
Daarna doceerde hij de geschiedenis van de Chinese literatuur aan de Waseda Universiteit, Toyo Universiteit en andere scholen.
In 1896 richtte hij samen met Oyanagi Shigeta en anderen de Dongya Xueyuan (東亞學院, East Asia College) op. Fujita richtte ook het tijdschrift "Jiangsu Wenxue"《江湖文學》(Jiangsu Literature) op.
In 1897 bezocht hij Shanghai.
In 1898 hielp hij samen met Luo Zhenyu de Dongwen Xueshe (東文學社, Oost-Aziatische literatuurvereniging) oprichten.
Na 1904 vroeg Cen Chunxuan (岑春煊) gouverneur van Guangxi en Guangdong Fujita te helpen met onderwijs.
In 1905 hielp hij ook bij de oprichting van de Suzhou high school (江苏师范学堂). Hij nodigde meer dan 10 leraren uit Japan uit. De Qing-dynastie kende hem vervolgens een medaille toe. In 1909 werd Fujita professor aan de prestigieuze universiteit van Peking.
In 1912 keerde hij terug naar Japan. Hij woonde in Tokio en deed onderzoek naar de geschiedenis van de oost-west-interacties. In 1920 promoveerde hij in de literatuur.
In 1923 werd hij hoogleraar aan de Waseda Universiteit. Hij doceerde de geschiedenis van het oost-west zeetransport en de geschiedenis van de westelijke regio's (China, Xiyu, het huidige Xinjiang).
In 1925 werd hij hoogleraar aan de keizerlijke universiteit van Tokio en eerste docent Oost-Aziatische geschiedenis.
In 1928 werd hij professor en minister van cultuur en politiek aan de keizerlijke universiteit van Taibei (臺北帝國大學). In mei 1929 keerde hij terug naar Tokio om opnieuw een lezing te geven over de geschiedenis van de Xiyu. Maar in juli overleed hij aan nierfalen.
