De meeste kanji-tekens kunnen op minstens twee verschillende manieren worden uitgesproken, afhankelijk van of het woord een inheems Japans woord is (dit heet de "kun"-lezing, of "kun-yomi"), of dat het afkomstig is uit het Chinees (dit heet de "on"-lezing of "on-yomi"). Kanji die op zichzelf staan hebben meestal kun-yomi, terwijl kanji-samengestelde woorden meestal on-yomi hebben. Bijvoorbeeld, 山 op zichzelf is "yama" (het Japanse woord voor "berg"). In combinatie met een ander woord of naam wordt het uitgesproken als "san", bijvoorbeeld "Fuji-san" (de berg Fuji).
Er zijn echter veel uitzonderingen op deze patronen. Sommige inheemse Japanse woorden met twee of meer kanji (meestal eigennamen) gebruiken bijvoorbeeld de kun-yomi van hun kanji, zoals 山口, dat wordt uitgesproken als "yama-guchi", ook al zou de on-yomi voor de kanji "san" en "kō" in die volgorde zijn. Soms hebben kanji alleen on-yomi en geen kun-yomi. Bijvoorbeeld, de kanji 毒, die "gif" betekent, heeft alleen de on-yomi "doku". Soms worden on-yomi en kun-yomi gecombineerd in samengestelde woorden. Bijvoorbeeld, het woord 金色, dat "gouden" betekent, wordt uitgesproken als "kin-iro", waarbij de eerste kanji zijn on-yomi gebruikt, en de tweede kanji zijn kun-yomi. Soms worden de kanji in bepaalde samengestelde woorden helemaal niet gebruikt, maar alleen om de betekenis van het woord aan te geven. Bijvoorbeeld, het woord 煙草 wordt uitgesproken als "tabako", wat in het Engels "tobacco" betekent. Dit woord is geleend uit het Portugees, en hoewel de uitspraak van het woord niet overeenkomt met beide kanji, zijn de betekenis van de kanji "rook" en "gras" in die volgorde, wat de betekenis van het woord aangeeft. Er zijn zelfs woorden waarvan de kanji alleen de uitspraak laten zien en niet de betekenis. Deze worden ateji genoemd. Bijvoorbeeld, het woord 亜米利加, dat "Amerika" betekent, wordt uitgesproken als "Amerika", maar geen van de kanji-betekenissen heeft een duidelijk verband met Amerika. Meestal worden woorden van de laatste soort tegenwoordig echter alleen nog in katakana geschreven, hoewel woorden als "sushi" soms nog in ateji worden geschreven, zoals 寿司, omdat Chinese toeristen de ateji gemakkelijker zullen herkennen, omdat het woord in het Chinees op dezelfde manier wordt geschreven.