Op 1 januari 1997 kocht het moederbedrijf van Infobases, Western Standard Publishing, Ancestry, Inc. De website was een uitgever van Ancestry magazine en genealogieboeken. De website werd in 1983 opgericht door John Sittner. Oorspronkelijk was de website een nieuwsbrief over genealogie. Het tijdschrift Ancestry was in januari 1994 gelanceerd. De CEO van Western Standard Publishing was Joe Cannon. Hij was de belangrijkste eigenaar van Geneva Steel. In juli 1997 kochten Allen en Taggart het belang van Western Standard in Ancestry, Inc. Diezelfde maand kocht Ancestry, Inc. Bookcraft, Inc., een uitgever van boeken geschreven door leiders en officieren van de LDS-kerk. Tegen die tijd begonnen Allen en Taggart Ancestry, Inc. onafhankelijk te opereren.
De website MyFamily.com is in december 1998 gelanceerd. Meer gratis sites zijn in maart 1999 geopend. MyFamily.com, had een miljoen geregistreerde gebruikers binnen de eerste 140 dagen. Het bedrijf haalde meer dan 90 miljoen dollar aan risicokapitaal op bij investeerders. Op 17 november 1999 veranderde de naam van het bedrijf van Ancestry.com, Inc. in MyFamily.com, Inc. De drie Internet genealogie sites werden toen Ancestry.com, MyFamily.com en FamilyHistory.com genoemd. De omzet voor 2002 was ongeveer $62 miljoen, en die voor 2003 was $99 miljoen. Het bedrijf opende een callcenter in Provo, Utah, in maart 2004. Op 19 december 2006 veranderde het bedrijf zijn naam in "The Generations Network". Het bedrijf gaf gratis toegang tot Ancestry.com bij LDS Family History Centers. Deze dienst werd op 17 maart 2007 verwijderd. Dit was vanwege het ontbreken van een wederzijds akkoord. In 2010 heeft Ancestry de toegang tot haar site in de Family History Centers hersteld.
Op 6 juli 2009 veranderde het bedrijf zijn naam weer in Ancestry.com. Een jaar later verkocht Ancestry haar activa voor het uitgeven van boeken aan Turner Publishing. In datzelfde jaar gaf het tijdschrift Ancestry na 25 jaar niet meer uit. Op 5 november 2009 werd Ancestry.com een beursgenoteerd bedrijf op NASDAQ (symbool: ACOM). Het is eerste openbare aanbieding was bij 7.4 miljoen aandelen die bij $13.50 per aandeel worden geprijst. Het bedrijf had een partnerschap met NBC voor een televisieserie genaamd Who Do You Think You Are?
In 2010 heeft Ancestry.com haar locatie uitgebreid naar San Francisco, Californië. Het kantoor in San Francisco richt zich op de technologische aspecten van het bedrijf. Hun recente werken omvatten een iPhone en iPad app. In december 2011 heeft Ancestry.com de Social Security Death Index verwijderd voor mensen die binnen 10 jaar zijn overleden. Deze gegevens zijn verwijderd vanwege bezorgdheid over identiteitsdiefstal. In september 2012 breidde Ancestry.com zijn internationale activiteiten uit met de opening van het Europese hoofdkantoor in Dublin, Ierland. Het kantoor in Dublin omvat een nieuw callcenter voor internationale klanten, evenals product-, marketing- en engineeringteams.
In oktober 2012 stemde Ancestry.com in met de overname door een private equity groep bestaande uit Permira Advisers LLP, leden van het managementteam van Ancestry.com, waaronder CEO Tim Sullivan en CFO Howard Hochhauser, en Spectrum Equity voor $32 per aandeel of ongeveer $1,6 miljard. Tegelijkertijd kocht Ancestry.com een service voor het digitaliseren en delen van foto's, genaamd 1000Memories. In september 2013 kondigde Ancestry.com de overname van Find a Grave aan. Een maand later kondigde het bedrijf aan dat het de familiegeschiedenis van de Zuid-Afrikaanse genealogiewebsite Ancestry24 had gekocht, die in februari 2013 is gestopt.
