De Grote Donkere Vlek (ook bekend als GDS-89) is een donkere vlek op Neptunus die er net zo uitziet als de Grote Rode Vlek van Jupiter. Hij werd in 1989 ontdekt door de Voyager 2-sonde van de NASA. Hoewel de vlek lijkt op de vlek van Jupiter, die een anticyclonalestorm is (dit is als een orkaan), wordt aangenomen dat de Grote Donkere Vlek een atmosferisch gat is, vergelijkbaar met het gat in de ozonlaag van de aarde.
De binnenkant van Grote Donkere Vlekken is echter meestal wolkenvrij, en in tegenstelling tot de vlek van Jupiter, die honderden jaren bestaat, lijkt hun levensduur veel korter te zijn: ze vormen zich en verdwijnen ongeveer eens in de paar jaar. Op basis van foto's die met de Voyager en sindsdien met de Hubble-ruimtetelescoop zijn gemaakt, lijkt Neptunus iets meer dan de helft van zijn tijd door te brengen met een Grote Donkere Vlek.
