Het gebied was het traditionele thuis van de Yandruwandha, Aboriginals. De eerste Europeaan die het gebied bezocht was Charles Sturt in 1845. Hij werd gevolgd door A C Gregory in 1858 en daarna door Burke en Wills. Een monument voor Sturt, Burke en Wills werd gebouwd in Innamincka in 1944.
In 1882 werd er een politiekamp opgezet en een kleine nederzetting volgde. Vanaf 7 april 1889 reed er tweewekelijks een Royal Mail-koets vanuit Farina, uitgebaat door de handelaars Davey en Pilkington. De stad werd eerst Hopetoun genoemd naar de gouverneur van Victoria, de graaf van Hopetoun, maar dit was nooit populair bij de plaatselijke bevolking. De stad was nooit erg groot, maar had wel een hotel, een winkel en een politiebureau. Tot 1901 was het politiebureau ook de douanepost voor het innen van de rechten op vee dat over land van Queensland naar South Australia werd gebracht. In 1928 bouwde de Australische Inland Mission hier een ziekenhuis, het Elizabeth Symon Nursing Home. Ernstige droogte en slechte bereikbaarheid van de nederzetting leidden tot de sluiting van het hotel en het ziekenhuis. In 1951 sloot de politiepost en werd het stadje verlaten.
Het toenemende toerisme en de ontdekking van gas en olie aan het eind van de jaren 1960 leidden tot de oprichting van Cooper Creek Hotel Motel Pty Ltd. Het bedrijf opende een hotel, een winkel en accommodatie in het verlaten stadje. In 1994 werd het Elizabeth Symon Nursing Home gerestaureerd door Dick Smith en Australian Geographic en gebruikt als bezoekerscentrum voor South Australian Parks and Wildlife.
De stad, aan de oever van de Cooper, is populair bij kampeerders, net als de openbare munttoiletten en douches.