Het boek bestaat uit twee delen. Het eerste deel heet "Ishi de Yahi". Het vertelt over de geschiedenis en de cultuur van het Yahi-volk. Het tweede deel heet "Meneer Ishi". Het vertelt over zijn leven in het museum.
Het eerste deel begint met de geschiedenis van Californië vóór de Europese kolonisatie. Kroeber schrijft dat er weliswaar weinig Yahi waren, maar dat zij ooit een groot deel van de Sacramento-vallei bewoonden. Andere, talrijkere, inheemse Amerikaanse volkeren hebben de Yahi waarschijnlijk de bergen in gedreven. Het eerste deel beschrijft ook de taal van de Yahi en het landschap waar zij leefden in de buurt van Mount Lassen.
Verschillende hoofdstukken in het eerste deel gaan over de vernietiging van de Yahi door blanke kolonisten. Het tweede deel van het boek begint met een geschiedenis van het museum in San Francisco waar Ishi naartoe werd gebracht. Ook wordt verteld hoe hij aan de naam Ishi kwam. In het museum organiseerden Alfred Kroeber en anderen wekelijkse demonstraties voor het publiek. Ishi demonstreerde meestal het spannen van een boog, of het maken van vuur met een brandoefening. Uiteindelijk moesten Ishi's vrienden regelen dat Ishi als conciërge ging werken, zodat de universiteit zou betalen om hem te onderhouden. Behalve met Kroeber, Waterman en Pope raakte Ishi bevriend met andere Indiaanse vrienden van de antropologen, zoals Juan Dolores, een Tohono O'odham Indiaan. Ishi bracht een groot deel van zijn tijd in het museum door met het maken van gereedschappen en wapens. Hij ging ook jagen met zijn vrienden. Het laatste hoofdstuk van het boek vertelt over Ishi die eind 1914 ziek werd van tuberculose en kort daarna aan deze ziekte overleed.
