Jefferson Station is een SEPTA-station in de wijk Market East in Philadelphia, Pennsylvania. Het officiële SEPTA-adres is 12th and Filbert streets. Van de drie stations in Center City van het SEPTA-systeem ligt Jefferson Station het verst naar het oosten. Het maakt deel uit van de Center City Commuter Connection. Het station werd geopend in november 1984 en verving de Reading Terminal, die op 6 november 1984 was gesloten. De bouw van Jefferson Station kostte 75 miljoen dollar en is eigendom van en wordt onderhouden door SEPTA. Het station heette voorheen Market East Station, maar de naam veranderde op 4 september 2014 in Jefferson Station nadat het Thomas Jefferson University Hospital 4 miljoen dollar had betaald om het station naar hen te laten vernoemen.
Het station is 37 meter breed en twee blokken lang. De sporen liggen 11 meter onder de straat.