Dokter Tom Jackman (James Nesbitt) is een getrouwde vader van twee kinderen. Hij heeft zijn gezin zonder verklaring in de steek gelaten om in een zwaar versterkte kelderflat te gaan wonen. Hij huurt psychiatrisch verpleegster Katherine Reimer (Michelle Ryan) in om hem te helpen. Nadat hij Katherine een reeks ingewikkelde veiligheidsprocedures heeft uitgelegd, bindt hij zichzelf vast in een metalen stoel en ondergaat hij een transformatie.
Katherine merkt op dat Tom's alter ego woede, verhoogde zintuigen, kracht en snelheid, en een flirterige manier vertoont. Ze verzekert deze persoonlijkheid dat ze zijn geheimen zal bewaren, net zoals ze die van Tom bewaart. Ze vraagt garanties dat hij haar geen kwaad zal doen. Tom's alter ego neemt Hyde's naam aan. De twee komen een ongemakkelijke wapenstilstand overeen. Ze delen een lichaam, maar geen van beiden herinnert zich wat de ander deed toen hij de leiding had. Ze gebruiken een micro cassette recorder om berichten voor elkaar achter te laten.
Toen Tom begon te veranderen in de gewelddadige Hyde, vreesde hij voor de veiligheid van zijn gezin. Hij koos ervoor om zich van hen te isoleren. Hij bezoekt zijn vrouw Claire (Gina Bellman). Tijdens het bezoek neemt Hyde de controle over en komt hij meer te weten over Tom's familie.
Miranda Callendar, gespeeld door Meera Syal, is een detective in dienst van Claire. Zij vertelt Tom dat Jekyll en Hyde geen fictie is, maar een versie van werkelijke gebeurtenissen. Miranda laat Tom een foto zien van de echte dokter Jekyll, die in de 19e eeuw in Edinburgh woonde. Tom is geschokt te zien dat Jekyll precies op hem lijkt.
Tom wordt ook in de gaten gehouden door een particulier beveiligingsteam onder leiding van een Amerikaan genaamd Benjamin, gespeeld door Paterson Joseph. Het team werkt voor zijn vroegere werkgevers bij het biotechnologiebedrijf, Klein en Utterson. Het team wordt geleid door zijn vriend Peter Syme, gespeeld door Denis Lawson.
Wanneer Benjamin Toms kinderen in gevaar brengt, laat Hyde zich gelden en doodt een leeuw. In het ziekenhuis wordt hij benaderd door Sophia, een oudere vrouw die beweert zijn moeder te zijn, maar voordat hij haar kan ondervragen verdwijnt ze.
Tom confronteert Peter, die hem probeert te drogeren. Dit lokt Hyde uit te verschijnen en Peter en Claire te gijzelen. Claire zegt dat ze een geneesmiddel moeten vinden voor Tom's toestand. Hyde doodt Benjamin. Peter zegt dat Klein en Utterson al lang een geneesmiddel hebben. Tom wordt gevangen genomen en opgesloten in een metalen doodskist.
Katherine en Miranda confronteren Peter met hun bewering dat ze de waarheid over Tom weten. Miranda denkt dat Klein en Utterson toegang hebben tot kloontechnologie en dat Tom de kloon van Jekyll is. Peter ontkent dit en laat ze afvoeren om te worden gedood.
Peter onthult aan Claire dat Tom's behandeling hem in één persona zal veranderen. Als het Hyde is, zal hij voor onderzoek worden gehouden. Ze zullen het drankje maken dat de originele Jekyll in Hyde veranderde. Als het Tom is, is ze vrij om hem mee naar huis te nemen. Als de doos wordt geopend, is Hyde dominant.
In een flashback die door een genetische herinnering wordt opgeroepen, heeft Hyde een visioen van een ontmoeting tussen Jekyll en Robert Louis Stevenson, de auteur van Strange Case of Dr Jekyll and Mr Hyde. Stevenson stemt in met het schrijven van een fictieve versie van Jekylls zaak, maar onthult dat hij de waarheid kent: er is geen toverdrank. In plaats daarvan werd Jekyll getransformeerd in Hyde door zijn liefde voor Alice, een dienstmeisje in zijn huishouden. Flashbacks naar Tom's eigen leven laten zien dat zijn Hyde voor het eerst verscheen tijdens een vakantie aan zee met Claire, nadat het paar was aangevallen door hooligans.
Woedend over nieuwe bedreigingen aan het adres van Toms gezin ontsnapt Hyde uit handen van Klein en Utterson. Mevrouw Utterson, een meedogenloze roodharige Amerikaanse vrouw aan het hoofd van Klein en Utterson, gijzelt Claire en haar zoons op een privé-landgoed. Ze sluit de tweeling op in miniatuurversies van de doodskist die bij hun vader is gebruikt.
Toms vermeende moeder, Sophia, verschijnt op het terrein en helpt Claire uit haar afgesloten slaapkamer te ontsnappen. Ze vertelt Claire hoe Klein en Utterson hadden geprobeerd dokter Jekyll te klonen, maar dat dit niet was gelukt. Claire ontmoet een aantal van de mislukte pogingen in de kelder van het gebouw. Ze zijn verminkt en in een bijna-vegetatieve staat. Sophia legt uit dat Tom een afstammeling is van dokter Jekyll, via Mr Hyde, en toevallig "een perfecte terugslag, een kans op een miljoen". Klein en Utterson hadden dit ontdekt en hielden hem in de gaten vanaf dat hij zes maanden oud was. Om zijn transformatie in Hyde in gang te zetten, creëerden ze een kloon van Alice, het dienstmeisje van wie Jekyll had gehouden. Deze kloon is Claire zelf.
Hyde probeert Tom's familie te redden van Klein en Utterson. Hij doodt Peter. Er ontstaat een impasse, waarbij de zoons van Tom en Claire gegijzeld worden en stikken. De Hyde-persoonlijkheid wordt blijkbaar gedood wanneer hij met meerdere kogels wordt beschoten en slaagt er dan in om 'het delen van de schade' te vermijden door de wonden op zich te nemen en Tom zijn onbeschadigde, gezonde vorm te laten aannemen, waardoor dokter Jackman als enige persoonlijkheid overblijft.
Zes maanden later heeft Tom Sophia opgespoord, de vrouw die beweerde zijn moeder te zijn. Als hij haar vraagt naar zijn vader, onthult ze dat ze afstamt van Hyde. Hij had de familievloek van haar geërfd. Terwijl Tom ontzet toekijkt, verandert de machteloze, vermoeide, grijsharige Sophia in haar eigen versie van de Hyde-persoonlijkheid, de roodharige Ms Utterson.
