Eigenschappen zonder functie
Niet alle kenmerken van een organisme zijn aanpassingen. Het kan nodig zijn veldonderzoek of experimenten uit te voeren om erachter te komen of het een functie heeft in het leven van de soort.
Aanpassingen hebben de neiging om het vroegere leven van een soort te weerspiegelen. Als een soort onlangs zijn levensstijl heeft veranderd, kan een ooit waardevolle aanpassing een afnemend overblijfsel worden. Dieren die in donkere grotten leven, verliezen vaak gedurende een lange periode hun kleuren en gezichtsvermogen.
De redenen hiervoor kunnen variëren. Het verlies aan structuur en functie kan een positieve aanpassing zijn die energie en materialen bespaart. Maar het kan ook gewoon een bijproduct zijn van genen die geselecteerd zijn voor andere functies (pleiotropie). Of de structuur kan worden gekoppeld in de ontwikkeling, en beïnvloed door selectie voor een andere structuur.
Het is een algemene regel dat alle aanpassingen die niet meer nuttig zijn, ofwel rudimentaireorganen worden (zie vermogende bijlage), ofwel kunnen worden geselecteerd en aangepast aan andere functies (zie oorbeentjes).
Aanpassingen met meerdere functies
Veel aanpassingen dienen meer dan één functie. Dit is vaak de reden dat sommige eigenschappen zo opvallend worden dat ze bijna de betreffende soort definiëren. De benen van een paard zijn ook een belangrijke verdediging: de schop van een paard is zeer destructief. Het gewei van mannelijke herten dient een seksuele functie en een verdediging tegen roofdieren. Het grote brein van de mens dient niet alleen voor de taal, maar ook voor het denken en het oplossen van problemen. Vogelveren worden niet alleen gebruikt om te vliegen; ze vormen de basis voor het behoud van de warmte, de temperatuurregeling en de signalering...
Compromis en conflict tussen aanpassingen
Het is een diepe waarheid dat de natuur niet het beste weet; dat de genetische evolutie... een verhaal is van verspilling, provisorisch, compromis en blunder. Peter Medawar.
Aanpassingen zijn nooit perfect. Er zijn altijd compromissen tussen de verschillende functies en structuren in een lichaam. Het is het organisme als geheel dat leeft en zich voortplant, daarom is het de complete set van aanpassingen die wordt doorgegeven aan toekomstige generaties.
Alle aanpassingen hebben een keerzijde: paardenbenen zijn geweldig voor het rennen op gras, maar ze kunnen hun rug niet krabben; het haar van zoogdieren helpt bij de temperatuurregeling, maar biedt een niche voor ectoparasieten. Compromis en make-shift komen op grote schaal voor, niet perfectie. Selectiedruk trekt in verschillende richtingen, en de aanpassing die daaruit voortvloeit is een soort compromis.
Aangezien het fenotype als geheel het doel is van de selectie, is het onmogelijk om alle aspecten van het fenotype tegelijkertijd in dezelfde mate te verbeteren. Ernst Mayr. p589
Peacocks
Camouflage om detectie te voorkomen wordt vernietigd wanneer levendige kleuren worden weergegeven tijdens de paringstijd. Hier wordt het risico voor het leven gecompenseerd door de noodzaak tot voortplanting. De siertrein van de pauw (die voor elk paringsseizoen opnieuw wordt gekweekt) is een beroemde aanpassing. Hij moet zijn wendbaarheid en vlucht verminderen en is enorm opvallend; bovendien kost zijn groei voedsel.
Darwin's uitleg over het voordeel ervan was in termen van seksuele selectie: "het hangt af van het voordeel dat bepaalde individuen hebben ten opzichte van andere individuen van hetzelfde geslacht en dezelfde soort, met betrekking tot de voortplanting". Het soort seksuele selectie dat door de pauw wordt vertegenwoordigd wordt 'partnerkeuze' genoemd, wat betekent dat het proces de meer fitte over de minder fitte selecteert, en dus overlevingswaarde heeft. In de praktijk is de blauwe pauw Pavo cristatus een vrij succesvolle soort, met een groot natuurlijk verspreidingsgebied in India, dus het algemene resultaat van hun paringssysteem is vrij levensvatbaar.
Menselijke geboorte
De grootte van de menselijke foetale hersenen bij de geboorte betekent dat de hersenen van een pasgeboren kind vrij onvolwassen zijn. Het brein van de pasgeborene kan niet groter zijn dan ongeveer 400 cc, anders komt het niet door het bekken van de moeder. Toch is de grootte die nodig is voor een volwassen brein ongeveer 1400 cc.
De meest vitale dingen in het menselijk leven (motoriek, spraak) moeten gewoon wachten terwijl de hersenen groeien en rijpen. Dat is het resultaat van het geboortecompromis. Een groot deel van het probleem komt voort uit onze rechtopstaande tweepedige houding, zonder welke ons bekken beter gevormd zou kunnen worden voor de geboorte. Neanderthalers hadden een soortgelijk probleem.
Verandering van functie in de loop van de tijd
De functie van een eigenschap kan in de loop van de tijd veranderen, en dat gebeurt ook vaak. Er zijn verschillende termen gebruikt om dit te beschrijven: preadaptatie, exaptatie, cooption. Preadaptatie is de meest voorkomende term die gebruikt wordt wanneer een bestaande structuur of eigenschap die van een voorouder is geërfd een andere functie ontwikkelt. Het was de term die werd gebruikt door Julian Huxley en Ernst Mayr. De term 'pre-' betekent niet dat er sprake is van een vooruitziende blik, het betekent alleen dat de aanpassing al beschikbaar was, in dienst van een of andere oudere functie. De 'aanpassing' was het woord van Stephen J. Gould.
Een voorbeeld van preadaptatie is bij dinosaurussen, die veren hebben ontwikkeld met de functie van thermo-isolatie en vertonen lang voordat ze werden gebruikt voor de vlucht door de vroege vogels. Zweetklieren bij zoogdieren werden later omgezet in borstklieren. Een ander voorbeeld is de lange reis van de zoogdieroorbeentjes, die begon in de kieuwdeksels van oude vissen, vervolgens deel uitmaakte van de onderkaak van reptielen, en vervolgens deel uitmaakte van het binnenoor van zoogdieren. Een ander voorbeeld zijn de vleugels van pinguïns. Ooit gebruikt om te vliegen, worden ze nu gebruikt om onder water te 'vliegen'.
Verandering van functie in organen en structuren is zeer gebruikelijk in de evolutie. Veel van de kenmerken van tetrapoden (gewervelde landdieren) zijn geëvolueerd van kenmerken met verschillende functies in de voorouderlijke kwabvinnigen (Sarcopterygii).
