De winkel op het web
Microsoft had eerder een soortgelijk digitaal distributiesysteem voor software, Windows Marketplace genaamd, waarmee klanten online software konden kopen. De marktplaats hield productcodes en licenties bij, zodat gebruikers hun aankopen konden terugvinden wanneer ze van computer wisselden. Windows Marketplace werd in november 2008 opgeheven. Op dat moment opende Microsoft een webwinkel met de naam "Microsoft Store".
Windows 8
Microsoft kondigde de Windows Store, een digitale distributiedienst voor Windows, voor het eerst aan tijdens de Build-ontwikkelaarsconferentie op 13 september 2011. Uit verdere details die tijdens de conferentie werden bekendgemaakt, bleek dat de winkel zowel gecertificeerde traditionele Windows-apps zou kunnen bevatten, als wat destijds "Metro-apps" werden genoemd: strak geregisseerde software op basis van ontwerprichtlijnen van Microsoft die voortdurend worden gecontroleerd op kwaliteit en naleving. Voor consumenten is de Windows Store de enige manier om Metro-achtige apps te verkrijgen. Hoewel de Windows Store werd aangekondigd bij de release van de "Developer Preview" van Windows 8, kwam deze pas beschikbaar bij de "Consumer Preview", die in februari 2012 werd uitgebracht.
Updates voor apps die na 1 juli 2023 in de winkel worden gepubliceerd, zullen niet beschikbaar zijn voor alle Windows 8 RTM-gebruikers, met uitzondering van gebruikers van Windows Embedded 8 Standard. Volgens het levenscyclusbeleid van Microsoft bereikte Windows 8 op 9 januari 2018 het einde van de reguliere ondersteuning en zal het op 10 januari 2023 het einde van de uitgebreide ondersteuning bereiken. De hoofdondersteuning voor Windows Embedded 8 Standard eindigde op 10 juli 2018 en zal het einde van de uitgebreide ondersteuning bereiken op 11 juli 2023. Microsoft Store stopt aan het einde van dat jaar met het werken met Windows Embedded 8 Standard.
Windows 8.1
In Windows 8.1 werd een bijgewerkte versie van de Windows Store geïntroduceerd. De startpagina is vernieuwd en toont nu apps in gerichte categorieën (zoals populair, aanbevolen, top gratis en betaald, en speciale aanbiedingen) met uitgebreide details, terwijl ook de mogelijkheid is toegevoegd om apps automatisch bij te werken. Windows 8.1 Update introduceerde ook andere opmerkelijke wijzigingen in de presentatie, waaronder het uitbreiden van de lijsten met top-apps naar 1000 apps in plaats van 100 apps, een sectie "voor u uitgezocht" en het wijzigen van de standaardsortering voor recensies in "meest populair".
Updates voor apps die na 1 juli 2023 in de Store worden gepubliceerd, zullen niet beschikbaar zijn voor Windows 8.1. Volgens het levenscyclusbeleid van Microsoft heeft Windows 8.1 op 9 januari 2018 het einde van de reguliere ondersteuning bereikt en zal het op 10 januari 2023 het einde van de uitgebreide ondersteuning bereiken.
Windows RT
De installatie van apps en games uit de Windows Store is de enige manier om apps te krijgen op Windows RT, een mobiele versie van Windows 8 of Windows 8.1 die is ontworpen om op tablets te draaien. Normale apps zoals Google Chrome, 's werelds populairste webbrowser, kunnen niet worden geïnstalleerd via een webbrowser op het internet voor Windows RT, zelfs niet via Internet Explorer, dat een ingebouwde webbrowser is in Windows RT, en ook niet in Windows 8 of Windows 8.1 en eerder.
Windows 10
Windows 10 werd uitgebracht met een bijgewerkte versie van de Windows Store, waarin Microsofts andere distributieplatforms (Windows Marketplace, Windows Phone Store, Xbox Video en Xbox Music) werden samengevoegd tot één winkelfront voor Windows 10 op alle platforms, met apps, games, muziek, films, tv-series, thema's en ebooks. In juni 2017 werd Spotify beschikbaar in de Windows Store.
In september 2017 begon Microsoft de Windows Store om te dopen tot Microsoft Store, met een nieuw pictogram met het Microsoft-logo. Xbox Store werd samengevoegd in deze nieuwe versie van het platform. Dit is in lijn met de platformconvergentiestrategie van Microsoft voor alle op Windows 10 gebaseerde besturingssystemen.
Webapps en traditionele desktopsoftware kunnen worden verpakt voor distributie via Windows Store. Via Windows Store gedistribueerde desktopsoftware wordt verpakt met behulp van het App-V-systeem om sandboxing mogelijk te maken.
In februari 2018 kondigde Microsoft aan dat Progressive Web Apps beschikbaar zouden komen in de Microsoft Store, en dat Microsoft automatisch geselecteerde kwaliteitsvolle Progressive Web Apps zou toevoegen via de Bing crawler of ontwikkelaars de mogelijkheid zou bieden om Progressive Web Apps in te dienen bij de Microsoft Store.
Vanaf Windows 10 versie 1803 kunnen lettertypes worden gedownload en geïnstalleerd in de Microsoft Store.
Windows 11
In Windows 11 kreeg de Microsoft Store een bijgewerkte gebruikersinterface, en een nieuwe pop-up voor het verwerken van installatielinks van websites. Microsoft kondigde ook een aantal wijzigingen aan in het beleid voor het indienen van applicaties om de flexibiliteit te verbeteren en de winkel "opener" te maken, waaronder de ondersteuning van "elk soort app, ongeacht het app-framework en de verpakkingstechnologie", en de mogelijkheid voor ontwikkelaars om vrijelijk gebruik te maken van betalingsplatforms van de eerste of van derden (alleen in software die geen games bevat) in plaats van die van Microsoft.
Windows Server
Windows Store is beschikbaar in Windows Server 2012 en Windows Server 2012 R2, maar wordt niet standaard geïnstalleerd. Het is niet beschikbaar in Windows Server 2016 en Windows Server 2019. UWP-apps kunnen echter worden verkregen via Microsoft Store for Business (voorheen Windows Store for Business) en geïnstalleerd via sideloading.