Het schip vertrok op 11 november 2007 uit Ushuaia, Argentinië, tijdens een 19-daagse cruise die bedoeld was om de route van de 20e eeuwse ontdekkingsreiziger Ernest Shackleton door de Drake Passage (een gebied dat typisch stormachtig is met ruwe zee) te volgen. Na een bezoek aan de Falkland Eilanden en South Georgia Island raakte de ontdekkingsreiziger op 23 november 2007 een ongeïdentificeerd onderwater object in de Bransfield Strait in de buurt van King George Island in de Antarctische Oceaan, vlakbij de South Shetland Eilanden. Het object dat door de Explorer werd geraakt, veroorzaakte een gat van 25 × 10 cm aan de bakboordzijde van het schip (linkerzijde) waardoor zeewater in het schip kon komen.
Een passagier meldde zeewater in de cabine om ongeveer 03:00 UTC. Hoewel sommige meldingen aangeven dat er geen merkbare impact was geweest, of in ieder geval niet meer dan het normale kraken van het ijs tijdens het varen door ijswater, zeggen andere meldingen dat er een luide knal was. Sommige rapporten geven ook aan dat het schip in een ijsberg aan stuurboordzijde van de Explorer is afgedreven terwijl de bemanning de schade aan de bakboordzijde van het schip aan het beoordelen was.
Om 04:24 UTC werd er een mayday call gedaan door het schip en de reddingsoperaties werden snel gecoördineerd door de Prefectura Naval (Kustwacht Korps) van de Argentijnse Republiek, en het Chileense Navy Center for Search and Rescue. Chili stuurde de ijsbreker Almirante Viel en de nabijgelegen commerciële schepen, waaronder de MN Ushuaia, de National Geographic Endeavor, en het Noorse Coastal Express-schip MS Nordnorge, dat op dat moment als passagierscruiseschip dienst deed. Tegen 07:30 UTC verlieten alle 91 passagiers, 9 gidsen en 54 bemanningsleden, uit meer dan 14 landen, het schip en gingen ze naar de reddingsvlotten, waar ze drie tot vier uur dreven, totdat ze werden opgepikt door het Noorse schip MS Nordnorge, dat tegen 10:00 UTC ter plaatse aankwam. Er wordt aangenomen dat de Explorer om ongeveer 19:00 uur UTC is gezonken. Toevallig was het MS Nordnorge eerder in 2007 betrokken bij een andere redding op Antarctica toen het 294 passagiers van een zusterschip, het MS Nordkapp, evacueerde toen de Nordkapp aan de grond liep op Deception Island, een onderdeel van dezelfde afgelegen Zuid-Shetland-eilanden-archipel.
Sommige van de door de Nordnorge geredde personen werden naar het Chileense Eduardo Frei Montalva-station op King George Island gebracht. Later werden ze met C-130 Hercules transportvliegtuigen van de Chileense luchtmacht naar Punta Arenas, Chili, gevlogen in twee aparte vluchten op zaterdag 24 november en zondag 25 november 2007. Ongeveer 70 van de overlevenden werden naar de Artigas basis van Uruguay gebracht. De Explorer zonk binnen 20 uur na het inslaan van een onbekend ondergedompeld object dat naar verluidt in het ijs lag.
