Het departement Ñeembucú (Spaans: Departamento de Ñeembucú) is een departement van Paraguay. De hoofdstad is de stad Pilar. De ISO 3166-2-code is PY-12.

Het departement is bijna volledig landelijk, en er zijn enkele van de oudste en best bewaarde jezuïetenruïnes, die zich in de buurt van de stad Humaitá bevinden.