Een chemisch monster wordt bereid door een kleine hoeveelheid van het monster in een NMR-buis te doen. Het wordt opgelost in een speciaal oplosmiddel zoals zwaar water (zie deuterium) of chloroform-d, waarna de buis in de NMR-machine wordt geplaatst. De machine is een grote magneet, zoals een MRI. Sommige atomen in het monster worden aangeslagen wanneer het zich in de magneet bevindt, en wanneer het monster wordt verwijderd, gaan de atomen terug naar een lagere energietoestand. Een op de NMR aangesloten computer kan deze verandering in opwinding detecteren, waardoor verschillende pieken en bulten op het NMR-diagram verschijnen. Een chemicus kan dit diagram afdrukken en de verschillende pieken bestuderen.
De meeste NMR machines kunnen alleen prikkelingen van één type atoom detecteren. Zo kan een1 H NMR alleen waterstofatomen "zien". Een13 C NMR kan alleen activiteit van koolstofatomen zien.