Protein Data Bank

Schrijver: Leandro Alegsa

28-02-2021

De Protein Data Bank (PDB) is een verzameling van informatie over de driedimensionale (3-D) structuur van grote biologische moleculen, zoals eiwitten en nucleïnezuren. Biologen en biochemici uit de hele wereld sturen de gegevens op. De meeste gegevens zijn afkomstig van röntgenkristallografie of NMR-spectroscopie. Iedereen kan de PDB gratis online raadplegen. De Worldwide Protein Data Bank, wwPDB, beheert het PDB.

De PDB is nuttig voor wetenschappers die structurele biologie en structurele genomica bestuderen. Veel wetenschappers moeten hun gegevens naar de databank sturen. Grote wetenschappelijke tijdschriften en sommige financieringsinstanties, zoals de National Institutes of Health in de Verenigde Staten, hebben regels die wetenschappers opdragen hun gegevens naar de PDB te sturen. Het PDB heeft de oorspronkelijke of primaire gegevens. Honderden andere databanken hergebruiken de gegevens. Deze secundaire databanken ordenen de informatie op verschillende manieren. Zowel SCOP als CATH bijvoorbeeld, delen de structuren in in groepen die zijn georganiseerd volgens het type structuur en ideeën over hoe zij door de evolutie met elkaar in verband staan. De ontologie van genen groepeert de gegevens op basis van genen.

Verwante pagina's

Database van Moleculaire Moties
The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) - moeder site voor regionale hosts (hieronder)

RCSB Eiwitgegevensbank (VS)
PDBe (Europa)
VOBJ (Japan)
BMRB, Biologische Magnetische Resonantie Gegevensbank (VS)

wwPDB Documentatie - documentatie over zowel het PDB- als het PDBML-bestandsformaat
Kijken naar structuren - De RCSB's inleiding tot kristallografie
PDBsum Home Page - Extraheert gegevens uit andere databases over PDB-structuren.
Nucleic Acid Database, NDB - een PDB-spiegel speciaal voor het zoeken naar nucleïnezuren
Inleidende PDB-tutorial gesponsord door PDB

Vragen en antwoorden

V: Wat is de Protein Data Bank (PDB)?

A: De Protein Data Bank (PDB) is een verzameling informatie over de driedimensionale (3D) structuur van grote biologische moleculen, zoals eiwitten en nucleïnezuren.

V: Waar komen de gegevens in de PDB vandaan?

A: De meeste gegevens komen van röntgenkristallografie of NMR-spectroscopie.

V: Wie stuurt de gegevens in voor het PDB?

A: Biologen en biochemici van over de hele wereld sturen de gegevens in.

V: Heeft iedereen toegang tot het PDB?

A: Ja, iedereen heeft gratis online toegang tot het PDB.

V: Wie beheert de PDB?

A: De Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) beheert het PDB.

V: Waarom is de PDB nuttig voor wetenschappers?

A: Het PDB is nuttig voor wetenschappers die structurele biologie en structurele genomica bestuderen.

V: Wie stuurt zijn informatie naar het PDB?

A: Veel wetenschappers moeten hun informatie naar de database sturen. Belangrijke wetenschappelijke tijdschriften en sommige financieringsinstanties, zoals de National Institutes of Health in de Verenigde Staten, hebben regels die wetenschappers opdragen om de gegevens naar het PDB te sturen.