Het hertogdom Saksen-Jena was een van de Ernestijnse hertogdommen van het Huis Wettin.

Een deel van het hertogdom Saksen-Weimar werd in 1672 geschonken aan Bernhard, de vierde zoon van Wilhelm, hertog van Saksen-Weimar. De tweede hertog had geen mannelijke erfgenamen om de titel te erven, zodat het gebied door Saksen-Weimar werd teruggenomen toen de tweede hertog in 1690 overleed. .