De verhaallijn van Bionicle uit 2001-2008 speelt zich af in een wetenschappelijke fantasiewereld die voornamelijk wordt bewoond door deels biologische, deels machinale wezens in een onderaardse wereld, die bestaat in massieve koepels onder de grond. Deze wereld (die "het Matoranenuniversum" wordt genoemd) en zijn rassen werden ooit beschermd door een Grote Geest met de naam Mata Nui, totdat hij in een eeuwige slaap werd geworpen door de boze Makuta Teridax en de Broederschap van Makuta. De wereld van de Matoranen begon uit elkaar te vallen. Maar het masker van het leven dat in Mata Nui was opgeslagen werd naar de ruimte gestuurd om een nieuwe planeet te vinden. Het masker landde op de planeet Bara Magna en het masker creëerde een klein lichaam.
2009 begon een geheel nieuwe saga van de verhaallijn, met achterlating van de voorgaande jaren, en venturing uit naar nieuwere mogelijkheden als Mata Nui, na te zijn verbannen door Makuta Teridax, crash land op een mysterieuze onvruchtbare planeet, genaamd Bara Magna. Hier wordt hij het middelpunt van het verhaal, en maakt hij nieuwe bondgenoten als hij probeert een manier te vinden om de Matoranen en de Toa te redden van Makuta Teridax's tirannieke heerschappij.
2001 - Zoektocht naar de maskers
Het verhaal begint met zes Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu, en Onua, die aankomen op een eiland dat bekend staat als het eiland Mata Nui, en zich niets anders herinneren dan hun namen. Ze ontdekten dat de inwoners, de Matoraanse dorpelingen, voortdurend worden aangevallen door geïnfecteerde Rahi, wilde beesten die worden beheerst door de krachtige invloed van Makuta Teridax door het gebruik van geïnfecteerde Kanohi-maskers, waardoor een oorlog wordt veroorzaakt die ongeveer 1000 jaar heeft geduurd. Na het zoeken en vinden van talrijke Kanohi-maskers ontvangen de Toa's elk een Gouden Kanohi-masker met een enorme kracht en zoeken ze Makuta zelf op. Na het uitdagen van de woeste Manas-krabben en de Shadow Toa (kwaadaardige dubbelgangerachtige illusoire replica's van de Toa), confronteren de Toa Makuta en verslaan ze hem door hun elementaire krachten te verenigen.
2002 - De Bohrok zwermen
Na zijn nederlaag, liet Makuta de oude Bohrok los. Bohrok zijn robotachtige drones die zijn ontworpen om het eiland Mata Nui "te reinigen" tot zijn staat "in de voor-tijd". De Bohrok begon te scheuren door de dorpen op het eiland, waardoor Matoranen gedwongen werden te vluchten. Een inventieve Matoran van de Aarde, Nuparu, bouwt een krachtig voertuig genaamd de Boxor, gemaakt van delen van een beschadigde Bohrok om de zwermen te bestrijden. De Toa, zich niet bewust van het doel van de Bohrok, verzamelde de Bohrok's Krana (masker-achtige wezens die functioneren als hun hersenen) om de Bohrok Queens, de Bahrag te confronteren: Cahdok en Gahdok. De verslagen Cahdok en Gahdok zijn verzegeld in een gevangenis die is gecreëerd door de elementaire krachten van de Toa. De Toa Mata worden dan blootgesteld aan een stof genaamd Energized Protodermis, die hen transformeert, waardoor ze nieuwe pantsers en wapens krijgen. Ze hernoemen zichzelf de "Toa Nuva".
2003 - De Bohrok-Kal Strike en het Masker van het Licht
Met Cahdok en Gahdok verslagen, worden de Bohrok Swarms tegengehouden en teruggekeerd naar hun bijenkorven. Echter, zes nieuwe elite Bohrok, genaamd de Bohrok-Kal, verscheen met als doel het vrijgeven van de Bahrag. Ze gingen vervolgens over tot het stelen van de Toa Nuva's krachten, die de sleutel zijn tot het verbreken van het zegel. Op het randje van de nederlaag, dwingen de Toa al hun krachten in de Bohrok-Kal, ze overbelasten en verslaan.
Kort daarna ontdekten twee Matoranen, Takua en Jaller, het Kanohi Mask of Light. Ze kregen de opdracht om over het eiland Mata Nui te reizen om de Toa of Light te vinden. Ondertussen creëerde en stuurde Makuta zes wezens genaamd Rahkshi om het masker te vinden en de komst van de Toa van het Licht te stoppen. De Rahkshi verscheurden Mata Nui en vernietigden de dorpen Ta-Koro en Onu-Koro. De Rahkshi werden tegengehouden door de Toa, maar niet voordat ze Jaller doodden. Jaller's dood deed Takua beseffen dat hij de Toa van het Licht was, en hij trok het masker op om Toa Takanuva te worden. Takanuva ging Makuta confronteren en tijdens hun strijd vielen ze beiden in een poel van energieke protodermis, een zilverachtige substantie met de kracht om een wezen te veranderen of te vernietigen, en werden ze samengesmolten tot het wezen Takutanuva. Takutanuva ging vervolgens over tot het openen van de deur naar de stad Metru Nui, waardoor de Matoranen en Toa's erdoorheen kwamen. Met behulp van een deel van zijn levensenergie herleefde hij Jaller terwijl hij nog steeds de deur openhield. Het gebruik van energie was echter te groot en Takutanuva werd door de deur verpletterd, waardoor het leek alsof hij zowel Takanuva als Teridax doodde, waardoor alleen Takanuva's Mask of Light overbleef. Takanuva werd prompt weer tot leven gewekt toen zijn masker werd gebruikt om het baken naar Metru Nui te activeren. Daarna bereidde de Matoranen zich voor om terug te keren naar de stad Metru Nui.
2004 - Legendes van Metru Nui
Toen de Matoranen zich voorbereidden om naar Metru Nui te reizen, onthulden de Turaga (dorpsoudsten) dat ze ooit Toa waren geweest en dat ze in Metru Nui vochten tegen bedreigingen zoals het Morbuzakh plantwezen en de Dume-gecontroleerde Vahki handhavingsploegen. Zij werden als Matoranen getransformeerd in de Toa Metru door Toa stenen met daarin de macht opgeofferd door Toa Lhikan. Hun missie was om de zes Grote Schijven te vinden en de Morbuzakh te verslaan, een plantendief dat de stad dreigde te vernietigen. Toen ze dat deden, werden ze echter verraden door Dume, de Turaga van de stad. Later ontdekten ze dat Makuta Teridax de vermomming van Dume had overgenomen en de Vahki (wetshandhavingsrobots) onder controle had gekregen. Zijn plan was om de Matoranen te laten inslapen, hun herinneringen uit te wissen en hen "als hun veroveraar" weer wakker te schudden. De Toa vluchtten, maar werden aangevallen door Teridax. Door hun elementaire krachten te combineren, waren ze in staat om Teridax te verzegelen in een gevangenis van gekristalliseerde protodermis. De Toa reisden naar een nieuw eiland, dat later bekend zou staan als Mata Nui, en beloofden terug te keren om de Matoranen te redden.
2005 - Web van de Schaduwen
Ze komen wel terug. Maar de boze koning Sidorak en zijn onderkoning Roodaka hadden op het eiland geregeerd, met wrede spinachtige wezens die Visorak heten. De Toa werden al snel gevangen genomen en gemuteerd tot beestachtige Toa Hordika. Om weer normaal te worden zochten de Toa de legendarische Rahi Keetongu op. Toa Vakama verraadde echter de andere Toa en sloot zich aan bij Sidorak, die hem tot leider van de Visorak maakte. De andere Toa confronteerden de Visorak horde in een grote strijd, en overtuigden Vakama om zich bij hen aan te sluiten. Vakama beval de Visorak vervolgens om vrij te zijn. Keetongu doodde vervolgens Sidorak, die door Roodaka en Vakama werd verraden. De zes Toa versloegen vervolgens Roodaka met alle zes hun elementaire krachten. Dit had echter als neveneffect dat Makuta werd bevrijd omdat Roodaka een fragment van zijn gevangenis bij zich droeg. De Toa sloegen haar om deze reden. Na te zijn hersteld door Keetongu, brachten de Toa Metru de Matoranen naar een nieuw eiland. Toen ze hun macht opofferden om de Matoranen te doen ontwaken, werden ze Turaga, en later vestigden ze nieuwe dorpen op dit eiland, Mata Nui genaamd.
2006 - Onheilseiland
De Toa Nuva leerde dat Mata Nui niet alleen sliep, maar ook stierf. Om hem te redden, moeten ze naar het eiland Voya Nui reizen en op zoek gaan naar de mysterieuze Kanohi Ignika, het Masker des Levens. De Toa Nuva gaan op dit avontuur, maar worden al snel gevangen genomen door zes nieuwe en machtige vijanden, de Piraka: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak en Avak. Ze zochten het masker voor hun eigen duistere doeleinden. Toen de Toa niet terugkwamen, volgde een groep van zes Matoranen hen. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu, en Matoro ontsnapten naar het eiland in Toa-blikken, maar terwijl ze reisden, veranderden de lichtbouten van de Rode Ster hen in de Toa Inika. Bij hun aankomst leren ze van de Piraka en hoe ze de lokale Matoranen tot slaaf maakten door zich voor te doen als valse Toa, om van de Matoranen een fort te maken. Met de hulp van een kleine Matoraanse weerstand en de oude bewaker Axonn, waren de Toa Inika in staat om de Toa Nuva te bevrijden, de tempel van het masker te vinden en de Piraka te bestrijden, evenals de andere wezens die het masker bewaakten. Ze kwamen uiteindelijk als overwinnaars uit de bus bij de Kanohi. Maar het Masker des Levens bezat een eigen wil, en op het laatste moment ontwijkt het hen allemaal, zich haasten in de diepten van de zee.
2007 - Zee van de duisternis
Na de jacht op het Masker des Levens daalde de Toa Inika af in de wateren na het ontvangen van de mysterieuze aanwijzing "red de gezonken stad" van een onbekende Matoran, die Hahli had gered van de verdrinkingsdood ten koste van zijn dood aan decompressieziekte.[14] Een uitbarsting van energie uit het Masker des Levens transformeerde de Toa Inika in water-ademhalingsvormen. Ze ontdekten een bewoond dorp van Mahri Nui dat was afgebroken van Voya Nui en duizend jaar geleden was gezonken. Het dorp werd bedreigd door oude krijgsheren die bekend staan als Barraki en die gemuteerd waren door het nabijgelegen mutagene water genaamd "The Pit". De Toa, nu bekend als Toa Mahri, stonden tegenover de Barraki om te overleven. Echter, tegen de tijd dat de Toa het masker ophaalden, stierf de Grote Geest. In het besef dat er nog steeds hoop was, haastte Toa Matoro zich naar de kern van het universum en offerde zijn leven op om Mata Nui te doen herleven. In de laatste momenten van zijn leven gebruikte Toa Matoro de kracht van het masker om de Toa Mahri terug te teleporteren naar Metru Nui en hen weer lucht te laten ademen. Het leven van de Grote Geest werd gered, maar hij moest nog worden gewekt.
2008 - De eindstrijd
Nadat ze door Artakha nieuwe pantsers en wapens hadden gekregen, kwamen de Toa Nuva aan bij Karda Nui, de kern van het universum. Daar kwamen ze tegenover de Makuta te staan die probeerden de bevolking van Av-Matoran - Matoran van het Licht - te veranderen in Schaduwmatoranen. De Toa Nuva werden geholpen door de komst van Takanuva, die nu in staat is om het Licht en de Schaduw onder controle te houden door een aanval van schaduwbloedzuigers, en Toa Ignika, die het Masker van het Leven zelf is. De Kanohi Ignika had een lichaam voor zichzelf gemaakt omdat ze wilde zien hoe het was om een levend wezen te zijn. Met hun gecombineerde krachten bereikten ze een structuur in het centrum van Karda Nui genaamd de Codrex, waar Toa Ignika zijn nieuwe lichaam moest opofferen om Mata Nui te doen ontwaken. Takanuva, met de hulp van de overgebleven Av-Matoranen, bracht de Schaduwmatoranen terug naar hun vorige staten. Kort daarna ontsnapte de Toa aan de kern voordat de energiestorm die door het ontwaken van Mata Nui werd veroorzaakt hen kon vernietigen. De Makuta ontsnapten echter niet, en werden allemaal gedood. Terug in Metru Nui werd het ontwaken van Mata Nui gevierd, maar de viering werd afgebroken toen onthuld werd dat Teridax het lichaam van Mata Nui had overgenomen, dat het universum van de Matoranen bleek te zijn. Door de geest van Mata Nui in het Masker des Levens te vangen, stuurde hij hem de ruimte in, zodat de voormalige Grote Geest zich niet kon bemoeien met zijn controle over het universum.
2009 - The Legend Reborn
Het Bionicle-verhaal gaat verder nadat Mata Nui door Makuta Teridax uit zijn lichaam werd verbannen, op een planeet die Bara Magna heet. Met uitzondering van een paar wilde diersoorten is Bara Magna een onvruchtbare woestijnplaneet die maar weinig hulpbronnen ondersteunt, dus elke stam op de planeet heeft een paar krijgers, genaamd Glatorian, om voor hen te strijden. Deze hulpbronnen, zoals voedsel en water, worden dienovereenkomstig verdeeld. De dorpelingen van deze wereld staan bekend als Agori. De Agori vormen samen zes verschillende stammen, elk verbonden met een regio. Nadat het Mask of Life op Bara Magna is geland, creëert het een lichaam dat Mata Nui kan gebruiken. Mata Nui werkt dan samen met een paar Glatorian om de gecombineerde krachten van de Skrall en Bone Hunters, twee grote bedreigingen voor de dorpen, te verslaan en te zoeken naar een manier om terug te keren naar zijn lichaam. Met de hulp van zijn nieuwe Glatorian- en Agori-vrienden legt hij een verrader bloot die bekend staat als Metus en verslaat hij de Skrall en Bone Hunters. Hij helpt de dorpen van de wereld om zich te verenigen en neemt alle reusachtige stukken robot mee en verbindt ze met elkaar tot een groot prototype robotlichaam, een lichaam zoals dat van het Matoranenuniversum.
2010 - Einde van de reis
Na het verslaan van de Skrall en het zien van de rest van de dorpen te verenigen, Mata Nui staat tegen de uitdaging om zijn oude lichaam terug te nemen van Teridax. Hij leert dat hij werd gecreëerd door de Grote Wezens op de planeet Spherus Magna, die nu is verdeeld in een junglemaan (Bota Magna), een oceaanmaan (Aqua Magna), en de resterende woestijnplaneet (Bara Magna), als gevolg van de Kernoorlog. Mata Nui leert ook dat er voor zijn bouw een vorige robot was, die de Agori gebruiken als hun thuis. Een Agori van Tesara genaamd Tarduk helpt Mata Nui door hem een oude krachtbron te laten zien die de oude robot van stroom kon voorzien.
In deze laatste reis keren twee helden terug om het gevecht af te maken: Tahu, keerde terug naar zijn oorspronkelijke vorm om het krachtige Gouden Pantser te dragen, en Takanuva. Ze worden geholpen door Gresh. Ze vechten tegen de Skakdi Warlord, Nektann om Makuta en zijn leger te verslaan; hordes Rahkshi, gewapend met hittezicht; en Skrall.
Het verhaal gaat verder als de krachten van zowel het Matoraanse Universum als het Glatoriaanse gezicht de aankomende aanval van Skakdi, Rahkshi, en Skrall. Het gouden harnas, verspreid door Makuta's ontploffing, wordt verzameld door Tahu, Gresh en Takanuva van de vele vijanden. Tahu verslaat Skakdi-krijgsheer Nektann, en donset vervolgens het pantser, dat elke Rahkshi Kraata op Bara Magna verbrandt.
Teridax beweert dat hij Bara Magna zal vernietigen met gravitaire energie, totdat Mata Nui zijn arm naar boven dwingt, waardoor Teridax de energiegolf naar de manen hierboven stuurt. Mata Nui duwt Teridax terug naar een van de aankomende manen, de groene maan van Bota Magna, waarvan de impact zijn kernprocessor vernietigt, die Teridax doodt. Mata Nui rouwt dan om de broer die hij had kunnen hebben, in zijn geest.
De finale eindigt wanneer Mata Nui zijn kracht, en de kracht van het Masker des Levens, gebruikt om Spherus Magna weer bij elkaar te brengen, om degenen die gemuteerd werden door Pit Mutagen te genezen, om het leven terug te brengen naar de planeet, en om verwoeste geografische kenmerken te reconstrueren. De spanning zorgt ervoor dat zijn krachtkern verdwijnt, waardoor het prototype van de robot wordt vernietigd. Wanneer de Glatorian en Toa de Ignika ongedeerd ontdekken op de plaats waar Mata Nui zich bevond, spreekt Mata Nui tot hen vanuit het Masker des Levens. Hij vertelt hen dat de toekomst van henzelf en van henzelf is om te bouwen. Hij blijft dan in de Ignika slapen. De Agori, Matoranen, Toa, Glatorian en alle anderen beginnen een nieuw leven op Spherus Magna.
Toekomst van Bionicle
De Bionicle toyline kwam eind 2009 tot een einde, nadat de 2010 sets klaar waren voor release, en werd in de zomer van 2010 vervangen door Hero Factory, een Lego thema dat compatibel is met Bionicle sets. Maar ondanks dit, gaat het verhaal verder in series geschreven door Greg Farshtey online op BIONICLEstory.com.
