Theodor Heinrich Boveri (12 oktober 1862 - 15 oktober 1915) was een Duitse bioloog die ontdekkingen heeft gedaan in de cytologie, embryologie en genetica. Zijn loopbaan was gewijd aan de processen waarbij een nieuw individu ontstaat uit ouderlijk voortplantingsmateriaal.

Zijn werk met zee-egels toonde aan dat het noodzakelijk was dat alle chromosomen aanwezig waren om een goede ontwikkeling van het embryo te laten plaatsvinden. Deze ontdekking was een belangrijk onderdeel van de Boveri-Sutton chromosoomtheorie. Zijn andere belangrijke ontdekking was het centrosoom (1888), dat hij beschreef als het bijzondere orgaan van de celdeling. Boveri ontdekte ook het fenomeen van chromatinevermindering tijdens de embryonale ontwikkeling van de nematode Parascaris.